Также нужно сказать и о существенной корректировке разделов тома IX, в которых рассматривался правовой статус сельских обывателей и так называемых «инородцев». Претерпел перемены и раздел о городских обывателях.
Появление новых судебных учреждений и внедрение нового порядка судопроизводства (и то, и другое связано с судебными уставами 1864 года) побудили существенно изменить содержание части 2 тома X: в неё включены новый Устав гражданского судопроизводства, а также законы о судопроизводстве и взысканиях гражданских. С изданием «Устава о наказаниях, налагаемых мировыми судьями» (1864) и пересмотром «Уложения о наказаниях уголовных и исправительных» (1866) были частично отменены, а частично изменены статьи устава о предупреждении и пресечении преступлений.
В часть вторую тома XV (прежде она считалась второй книгой тома XV) составители включили Устав уголовного судопроизводства и законы о судопроизводстве по делам о преступлениях и проступках.
Восшествие на престол нового российского императора Александра III, произошедшее в 1881 году, сопряжено с образованием Кодификационного отдела при Государственном совете, связанным с реорганизацией Собственной Его Императорского Величества канцелярии. Внесённый Э. В. Фришем проект правил переиздания Свода законов был утверждён в ноябре 1885 года. Документ (впервые после эпохи М. М. Сперанского) предполагал включение в состав Свода отдельного тома для включения в него законов о судопроизводстве.
С деятельностью Кодификационного отдела в 1885 – 1893 годах непосредственно связано переиздание ряда томов Свода, включение в его состав реформированного Уложения о наказаниях, таможенного устава 1892 года, актов о денежной системе 1885 года, новой редакции устава общественного призрения, а также иных узаконений. Неслыханным доселе делом стала публикация учреждений о Военном и Морском министерствах.
В двухчастном XVI томе были собраны действовавшие в ту пору в Российской империи правила о судоустройстве и судопроизводстве, в том числе – судебные уставы Александра II, Положение о нотариальной части, ряд процессуальных законов, действовавших в отдельных губерниях. Подверглась изменению структура и других томов.
В 1893 году Кодификационный отдел влился в структуру Государственной канцелярии, утратив свой прежний статус. С 1894 года было образовано Отделение Свода законов на правах подразделения Государственной канцелярии. Исследователи отмечают, что таким образом статус его был понижен: какого-либо деятельного участия в работе кодификаторов со стороны монарха или даже Государственного совета более не требовалось.
