Благие деяния отца Философа не давали покоя врагу спасения рода человеческого. Удары, которые наносил сей противник петербургскому пастырю, порою бывали очень чувствительными. По распоряжению управляющего Экспедицией Заготовления Государственных Бумаг Н. И. Тавилдарова 1 августа 1912 года отец Философ без всяких на то оснований был освобожден от должности заведующего Технической Школой при Экспедиции (139). Эта Школа, в которой учащиеся получали среднее образование и специальность, была поистине детищем отца Философа. Его стараниями она зародилась, его стараниями она была доведена до образцового состояния. По адресам, полученным батюшкой в день 25-летия его пастырского служения, видно, с какими неподдельными чувствами благодарности, уважения и любви относились к нему преподаватели, сотрудники и учащиеся Школы.
Решение тайного советника Тавилдарова имело последствия не только нравственного характера. Потеря должности заведующего Технической Школой отцом Философом резко ухудшила материальное положение семьи Орнатских, где к тому времени было уже десять детей – в 1905 году у отца Философа и Елены Николаевны родился сын Александр, в 1908 году – Константин.
Батюшка очень любил свою семью. Она была для него понятием святым. По воспоминаниям Веры Философовны Орнатской, отец Философ всю свою жизнь очень нежно относился к детям, всегда был с ними ласков, В то же время он разговаривал с ними как с равными, вникал в их проблемы и обязательно оказывал необходимую помощь (140).
Церковное и общественное служение поглощало у батюшки массу времени и сил. Теперь же вновь приходилось отцу Философу поддерживать семью, давая частные уроки ученикам, проживающим в различных концах Санкт-Петербурга.
Такая ситуация вынудила батюшку через полгода по благословению правящего архиерея обратиться с прошением к министру финансов В. Н. Коковцову, к ведомству которого относилась Экспедиция Заготовления Государственных Бумаг. Одному Господу известно, как непросто было отцу Философу пойти на этот шаг, но другого выхода у него не было…
Его Высокопревосходительству,
Господину Министру Финансов,
Действительному тайному Советнику, Статс-Секретарю Владимиру Николаевичу Коковцову от настоятеля церкви при Экспедиции Заготовления Государственных Бумаг протоиерея Философа Орнатского
Покорнейшее прошение
В июле месяце текущего года исполнилось 28 лет моей службы в священном сане и вместе в должности законоучителя. Из них 20 лет с половиною я служу священником церкви Экспедиции Заготовления Государственных Бумаг (ЭЗГБ), первые же 7 лет священником церкви Приюта Принца Петра Георгиевича Ольденбургского и штатным законоучителем реального училища и женской гимназии Приюта. Назначенный 26. 08. 1892 священником церкви ЭЗГБ, в построении которой принимал деятельное участие, я продолжил преподавание Закона Божия в Приюте и в то же время был законоучителем начальной школы при Экспедиции в составе 2-х, а затем 4-х отделений, состоявшей в ведении Постоянной Комиссии по техническому образованию Императорского Русского Технического Общества, вплоть до 1903 г.