В 1529г. Цюрих объявляет этим нарушителям войну. Отряд доходит до пограничного населенного пункта Каппель, но вскоре (26 июня) было заключено на выгодных для протестантских кантонов земское перемирие (расторгался союз католических кантонов с Австрией). На этом закончилась первая Каппельская война. Однако Цюрих был расколот внутренними противоречиями и во второй Каппельской войне потерпел поражение. 11 октября 1531г. в сражении при Каппеле цюрихский отряд был разгромлен. Цвингли, участвовавший в сражение в качестве полкового священника, погиб. Лютер прокомментировал его смерть так: "Он кончил как убийца..., угрожавший мечом получил награду, которую заслужил". В ночь с 23 на 24 октября цюрихцы потерпели новое поражение. В ноябре 1531г. был заключен мир, по которому протестантское "христианское объединение" распускалось, эти кантоны должны были заплатить контрибуцию и воздерживаться от дальнейшей пропаганды евангелического учения, восстанавливался старый союз, провозглашалось равноправие религий. В ряде земель восстанавливался католицизм. В Цюрихе сохранились лишь те стороны цвинглианской реформы, которые соответствовали сложившейся расстановке социальных сил и политических группировок. Центром цвинглианства переместился в юго-западную часть Швейцарии. Преемником Цвингли на посту "народного проповедника" стал его друг Генрих Буллингер (1505 - 1575). Человек с незаурядными организаторскими и богословскими способностями, имевший почти непререкаемый авторитет во многих странах, опубликовал более 150 богословских работ, не считая обширной переписки. Его труд "Десятилетия" (1548 - 1551), включавший проповеди, стал почти официальным пособием для англиканских священников. Некоторые из его учеников стали ведущими деятелями пуританизма. По Тигуринскому соглашению 1549г. с Ж. Кальвином он добился устранения разногласий между ним и французскими реформаторами, что содействовало объединению немецких и французских реформаторов. Г. Буллингер стал автором "Второго Гельветического исповедания" (1566), написанном, в основном с позиций кальвинизма, но с привлечением элементов цвинглианства. Этот текст сыграл для реформатской церкви ту же роль, что и "Аугсбургское исповедание" для лютеран. Это сочинение свидетельствовало о переходе цвинглианцев от союза с лютеранами к союзу с кальвинистами ("Первое Гельветическое исповедание" появилось в 1536г. и представляло синтез лютеранских и цвинглианских идей).
