Выявилось и новое радикальное направление, объединившееся с анабаптистами. Они доводили до логического конца положения Цвингли. Если тот выдвигал требование пресечь злоупотребления в отношении десятины, они отрицали десятину и налоги вообще. Если Цвингли осторожно говорил о целесообразности отмены крепостничества, они отрицали всякие власти, духовные и светские. Он выдвигал требование секуляризации имущества, они всеобщего раздела имуществ. Толпы радикалов во главе с анабаптистскими проповедниками, не дожидаясь решения властей, приступили к очищению церквей от икон и статуй святых. С 1523г. случаи отказа платить десятину и другие подати стали всеобщим явлением. С весны 1524г. Цюрих, Шаффгаузен, Сен-Галлен и фогтство Тургау стали ареной мощных крестьянских выступлений, слившихся с крестьянской войной в Германии.
Власти Цюриха вынуждены были пойти на уступки, чтобы расколоть движение. Крестьянам предложили подать общие требования в городской совет. Эти требования, представленные в мае-июне 1525г., были умеренными, близкими немецким "12 статьям": отмена крепостничества, малой десятины, торговых ограничений, снижение налогов, упорядочение судопроизводства, свобода охоты и рыбной ловли, упорядочение судопроизводства, выборы деревенских пасторов и др. Они были частично удовлетворены: решено отменить крепостную зависимость и малую десятину, упорядочить судопроизводство, снять некоторые торговые ограничения. Лесные кантоны блокировали перевалы, чтобы не дать соединиться швейцарским крестьянам с немецкими.
Тем временем реформация широко распространилась по стране. В 1528г. ее принимает богатый Берн, а по его примеру и колебавшиеся Сен-Галлен, Гларус, Шаффгаузен, Базель и близлежащие немецкие города Мюльгаузен и Страсбург. Однако поражение крестьянской войны в Германии послужило сигналом к "контр реформации". Католические кантоны восстановили католицизм, города начали преследования анабаптистов. Цвингли решил выйти из кризиса путем усиления личной диктатуры, что привело к дальнейшему падению его авторитета. Потянулись слухи, что он хочет захватить власть. Даже бернцы заподозрили его в гегемонистских устремлениях.
Еще в 1525г. в Цюрихе был создан Совет на случай борьбы с "пятиградием", т. е. пятью лесными кантонами (Швиц, Ури, Унтервальден, Цуг, Люцерн). Цвингли приступил к объединению в федерацию под гегемонией Цюриха и Берна. Сложился протестантский союз Цюриха, Берна, Шаффхаузена и Констанца. Конфессонально-политический раскол Швейцарии достиг предела. Но прочность протестантского союза постепенно уменьшалась из-за внутренних разногласий. Радикализм Цвингли тускнел. Он настоял на сохранении большой церковной десятины, придал своей церкви четкие организационные формы и поставил ее в полную зависимость от светской власти. Постановлением городского совета от января 1525г. были изгнаны их Цюриха анабаптисты. Одним из поводов к их изгнанию послужило то, что цюрихские анабаптисты тайно поддерживали сношения с Т. Мюнцером. Все это приводило все к большему сужению его социальной базы. Переходили в контрнаступление цехи, требовавшие ограничения капитализма. "Пятиградие" пошло на союз с австрийским Фердинандом Габсбургом, что было прямым нарушением союзных договоров, оформивших Швейцарскую конфедерацию.
