На помощь Церкви была призвана наука: устроили в Москве школу, академию, обязанностию которой было защищать православие; начальник (блюститель) и учителя должны смотреть, чтоб ни у кого не было запрещенных книг; если кто-нибудь будет обвинен в хуле на православную веру, то отдается на суд блюстителю и учителям, и если они признают обвинение справедливым, то преступник подвергается сожжению. Таким образом, академия уполномочивалась следить за движениями врагов православия и бить всполох при первой опасности; это была цитадель, которую хотели устроить для православной Церкви при необходимости столкновения ее с иноверным Западом; это не училище только, это страшный трибунал: произнесут блюститель и учителя слово: «Виновен в неправославии», — и костер запылает для преступника. Понятно, что для произнесения суда над уклоняющимся от православия судьи сами прежде всего должны быть согласны между собою. Но с самого начала православные ученые, призванные в Москву для защиты православия научными средствами, разногласят друг с другом.
Симеон Полоцкий разногласит с Епифанием Славинецким; потом великороссиянин Сильвестр Медведев, ученик Полоцкого, ведет ожесточенные споры с учителями академии греками Лихудами. Двор на стороне Медведева, патриарх на стороне Лихудов; понятно, что русские люди делятся, двоятся между двумя враждебными лагерями, всюду споры, шатость, смута. Верховный пастырь Церкви, патриарх, находился при этом в очень незавидном положении; раскольники обзывали его еретиком; при дворе, в обществах, находящихся под влиянием Полоцких, Медведевых, смеялись над ним, как над неучем. И действительно, недостаток научного образования препятствовал ясности взгляда его на то, что делалось вокруг, к чему шло дело; им овладевал безотчетный страх пред новым, причем существенное смешивалось с несущественным, и перемена чего-нибудь внешнего, какого-нибудь обычая, покроя платья, бритье бороды становилось наравне с учениями, противными православию. Народ, собравшийся слушан, проповедь верховного пастыря, слышал такие обличения: «Люди неученые, в Церкви святой наших благопреданных чинодейств не знающие и других о том не спрашивающие, мнятся быть мудрыми, но от пипок табацких и злоглагольств люторских, кальвинских и прочих еретиков объюродели.
Совротясь от стезей отцов своих, говорят: „Для чего это в Церкви так делается, нет никакой в этом пользы, человек это выдумал, и без этого можно жить“».
