Между тем дальнейший спор переместился из религиозной сферы в политическую. Оба прусских епископа скончались вскоре друг за другом: Поленц в 1550 году, Сператус в 1551 году. Герцог, желая укрепить свое суверенное могущество, заменил влиятельные (представленные в ландтаге) должности епископов на менее значимые функции консисторий, не представленных в ландтаге. Этим он погрешил против сословных привилегий. На одной стороне теперь стоял стареющий герцог со своими советниками, часто фаворитами, не всегда заслуженно пользовавшимися его милостью, а на другой — сословия, ревниво защищавшие свои привилегии от придворной свиты. Альбрехт, уставший от спора, занемогший от болезней и семейных неприятностей, всё больше и больше становился игрушкой в руках противобоствующих. За всеми этими конфликтами стоял вдобавок король Польши, желавший расширить свою власть сюзерена в Пруссии. Концовкой в споре стала катастрофа 1566 года. Прежде, чем обратиться к этой для истории Кёнигсберга важной сословной революции, следует несколько слов сказать об экономике и населении города.
Положение Кёнигсберга в сплетении торговых путей во времена герцога не отличалось от того, которое он занимал в орденском государстве. Город лежал на середине пути, который вёл из Данцига через залив Фришгаф, реки Прегель и Мемель в Кауэн. Городу Данцигу, благодаря опыту, богатству и большой активности его купцов, ещё долго принадлежало первенство на этом пути, хотя доля кёнигсбергских купцов в товарообороте после закрытия Орденского Торгового двора увеличилась, так как герцогская администрация самостоятельно торговлей не занималась. Ассортимент товаров также остался прежним, увеличился лишь ввоз леса из Литвы.
Неоднократные попытки герцога создать прусский военный флот встречали упорное сопротивление купечества. Тот флот, что базировался в Кёнигсберге и в укреплённом с 1550 года Пиллау, состоял лишь из нескольких кораблей, выполнявших и торговые рейсы. Он никогда не участвовал в морских сражениях и бесславно пришёл в упадок.
Ведущее место в прибалтийской торговле, наряду с купцами из Данцига, принадлежало голландцам. Тем самым мы затрагиваем тему, более двух веков вновь и вновь определявшую экономику Кёнигсберга: отношение местных купцов к приезжим. Эти приезжие, сначала голландцы, а затем англичане и французы, бежали от преследований за веру, но были не лютеранами, как кёнигсбержцы, а кальвинистами. Тот факт, что в силу своего кальвинистского мировоззрения они приносили с собой в Пруссию из своих экономически передовых стран новые, капиталистические методы хозяйствования, делало их в глазах местных купцов вдвойне подозрительными и ненавистными. Правда, действовал старый принцип — гость не торгует с гостем, но чужестранцам удавалось обойти его, пользуясь услугами фирм местных купцов, рассматривая их не в качестве партнёров, а в качестве посредников, так как им выплачивались комиссионные.
