Однако прежде, чем горожане успели разрушить орденскую крепость, прежде, чем король смог дать желанные привилегии, наступил перелом, предопределивший всю дальнейшую историю Кёнигсберга. Кёнигсберг стал не городом-республикой, а резиденцией и столицей государства. Политикой города стала политика её муниципалитетов, т.е. верхних слоёв горожан, представлявших в первую очередь интересы купцов. Эта политика не учла дружеского расположения ремесленников к Ордену.
24 марта 1455 года вспыхнуло восстание сторонников Ордена против его врагов, восстание цехов против муниципалитетов. Оно не было следствием планов какого-либо политического вождя, а явилось стихийным выражением недовольства цехов, позиции которых были сильны в особенности в Альтштадте. Маленький Лёбенихт, как всегда, встал на сторону Альтштадта. В Кнайпхофе ремесленники также симпатизировали Ордену, но были слишком слабы. Город на острове стал прибежищем для врагов Ордена. Брунау и другие члены муниципалитета смогли здесь надежно укрыться прежде, чем восставшие разрушили мосты. Кнайпхофскому бургомистру Лангербайну с помощью своего дипломатического дара почти удалось снова привлечь отступников в Союз, однако 30 марта новое восстание положило конец этим переговорам. Когда комтур Генрих Ройс фон Плауэн появился у ворот Кёнигсберга с орденским войском, то Брунау сдался. Он отправился в Эльбинг, затем в Данциг, и умер, видимо, вскоре после 1457 года.
В Кёнигсберге началась осада Кнайпхофа. Это сражение было единственным на территории города за всю его 700-летнюю историю вплоть до принёсшего столько бед 1945 года. Альтштадтцам пришли на помощь верхом на лошадях 300 самландских свободных граждан, потомков свободных прусских крестьян, не желавших, подобно ремесленникам, зависимости от кёнигсбергских купцов. Организатором и душою борьбы был Генрих Ройс фон Плауэн, комтур Эльбинга, временно занимавший должность маршала и действовавший от имени осаждённого в Мариенбурге гохмейстера. 17 апреля, после того, как Плауэн подтвердил грамотой привилегии альтштадтцев, те присягнули ему на верность. Муниципальную конституцию оставили нетронутой, однако теперь, в 1458 году, сторонники Ордена стали входить в муниципалитет, в том числе и Юрген (Георг) Штайнхаупт, служивший до 1456 года у Плауэна писарем и лишь в 1457 году ставший гражданином Кёнигсберга. Тем самым Плауэн ввёл в муниципалитет человека, которому мог доверять.
Кнайпхофцы продолжали обороняться. Они располагали значительными силами, были защищены водой и каменными стенами и могли держаться до тех пор, пока водный путь к городам Союза оставался свободным. Этим путём Данциг, столица «Прусского союза
