Первое правительство Союза, руководимое Луисом Ботой и Яном Смутсом, постепенно начало усиливать многие из существенных неравенств южноафриканского общества. Кульминацией этого процесса стало создание вполне развитого режима апартеида с избранием Национальной партии (НП) во главе с Д.Ф. Маланом в 1948 г. Например, в 1913 г. Акт о землях коренного населения запретил африканцам покупать землю за пределами «территорий коренного населения», т.е. резерваций, созданных для африканцев и в 1939 г. составлявших примерно 12% земель (африканцы в это время составляли 70% населения; см.: [Thompson, 1995, table 1, р. 278]).
В то же время с основанием Африканского национального конгресса (АНК) в 1912 г. начало формироваться организованное политическое сознание коренных африканцев. Сначала это было умеренное движение, организованное африканцами из среднего класса, но после Второй мировой войны АНК начал радикализоваться вследствие неудачи попыток либерализовать систему. В 1943 г. АНК принял заявление, названное «Требования африканцев в Южной Африке», впервые потребовав всеобщего избирательного права для взрослых.
После 1948 г. применение апартеида на практике достигло своего апогея, когда пост премьер-министра занимал Хендрик Фервурд между 1958 и 1966 гг. Правительство пыталось переселить всех африканцев в восемь (затем десять) хоумлендов, и только те африканцы, чей труд требовался для экономики белых, могли присутствовать на «европейских территориях». Они должны были носить с собой «пропуска», доказывающие, что они на законных основаниях находятся за пределами территорий племен.
Режим апартеида поддерживался с помощью массовых нарушений политических и гражданских прав. Правительство установило жесткий контроль над средствами массовой информации и имело монополию на радио- и телевещание. Полиции были даны широкие полномочия арестовывать людей без суда и держать их неограниченное время в одиночном заключении. Согласно Акту об общественной безопасности 1953 г. правительство могло объявлять чрезвычайное положение и править своими постановлениями.
На протяжении 1950-х годов АНК постоянно бросал вызов на улице и в судах политике Национальной партии. Во время одной из таких демонстраций в Шарпвилле вспыхнули беспорядки и полиция начала стрелять в толпу, убив 83 человека. После этого инцидента власти перешли к политике полного искоренения АНК и в 1964 г. Нельсон Мандела и другие члены высшего руководства движения были помещены в тюрьму на острове Роббен. Несмотря на то что значительная часть лидеров движения оказалась в южноафриканских тюрьмах или в ссылке, АНК оставался центром сопротивления режиму. НП и далее продавливала свою идею создания независимых хоумлендов (или «бантустанов»), гражданами которых были бы все африканцы. В 1976 г. Транскей и Бопу-татсвана властями ЮАР были объявлены независимыми государствами (хотя их так никогда и не признало ни одно государство или международная организация).
