Методы белковых маркеров органически сливаются с многими методами генетики и селекции и оказывают большое влияние на формирование современной методологии этих наук. Усилия биохимиков, генетиков и растениеводов, работающих в данной области, должны быть направлены прежде всего на реализацию раскрывшихся возможностей белковых маркеров в решении практических задач селекции и семеноводства. В то же время особое внимание должно быть уделено использованию принципов и методов белковых маркеров в разработках таких фундаментальных направлений прикладной ботаники и генетики, как проблемы вида, генома и сохранения генофонда культурных растений и их диких сородичей для селекции. Как уже было показано нами на многих примерах использования белковых маркеров, они позволяют идентифицировать и в удобной для компьютеризации форме регистрировать и документировать как генетические системы — гены, их аллельную структуру, генные комплексы, хромосомы и геномы, так и таксономические и биологические единицы — линии, биотипы, сорта, популяции и виды.
И, наконец, о критериях сортовых различий и значении уровня генетической или биологической специфичности фактора (молекулярнобиологической структуры), используемого в генетическом или филогенетическом анализе. Недавно об этом довольно подробно было изложено на с. 226–230 монографии: «Морфогенез и молекулярно-биологический анализ растений» (2001).
Для выяснения межсортовых и других внутривидовых связей по спектрам полиморфного белка результаты парных сравнений по коэффициенту подобия обычно кластируют, полагая, что выявляемые при этом группировки сортов, биотипов или линий отражают их генеалогию. В действительности же такой анализ дает возможность выявлять прежде всего отношения между генетическими локусами данного белка. Это хорошо показано Кезером (Heinz R. Raser, 1982) на большом числе сортов Vicia faba L. разного происхождения.
Из девяти полиморфных белковых систем (восемь ферментов и «кислые белки» семян) практически каждая дала свою группировку сортов. Это со всей очевидностью показало, что в анализах подобного рода наряду с биологической и генетической необходимо также учитывать функциональную специфичность маркерного белка. В большей мере это должно относиться к ферментам. Есть основания считать, например, что изозимные системы, непосредственно связанные с механизмами адаптации растения к условиям окружающей среды, при кластировании должны дать группировки, отражающие прежде всего экологическое сходство сортов. Среди известных пока полиморфных белковых систем более полно генеалогия сортов и других внутривидовых подразделений в кластерном анализе раскрывается, по-видимому, через запасные белки.
