В 1899 году А. А. Фишера фон Вальдгейма на посту руководителя Бюро по прикладной ботанике сменил Иван Парфентьевич Бородин (1847-1930 гг.). В этой должности он находился до 1904 года. И. П. Бородина называли "патриархом русской ботаники". В 1869 году, после окончания Петербургского университета, 22-летней И. П. Бородин был избран заведующим кафедрой ботаники Лесного института. Его первая крупная научная работа "Физиологические исследования над дыханием листоносных побегов" была опубликована в 1876 году. В 1888 году увидели свет два учебника: "Курс анатомии растений" и "Краткий учебник ботаники", 15-ое издание которого вышло в 1929 году. В 1897 году был опубликован его "Краткий очерк микологии". И. П. Бородин увлекался теорией "жизненной силы". Особенно ярко эта его приверженность проявилась в статье "Протоплазма и витализм". С критикой мировоззренческих взглядов И. П. Бородина выступал К. А. Тимирязев. В 1902 году Бородина избрали действительным членом Академии Наук по отделению систематики; тогда же он занял должность директора Ботанического музея Академии. В 1904 году И. П. Бородин перешёл на должность профессора в Петербургский университет.
В 1905 году к руководству Бюро по прикладной ботанике пришёл Роберт Эдуардович Регель (1867-1920 гг.)[14]. В 1888 году Р. Э. Регель окончил Петербургский университет и три года стажировался за границей. По возвращении, с 1891 по 1893 год он состоял консерватором Петербургского ботанического сада, а с 1893 по 1897 ― приват-доцентом Петербургского университета. Диссертацию на степень магистра ботаники он защитил на тему "Ячмени с гладкими остями". Придя к руководству Бюро по прикладной ботанике, Р. Э. Регель чётко сформулировал цели и задачи коллектива и дал определение прикладной ботанике: "прикладная ботаника есть специальная отрасль общей ботаники, избравшая своим объектом возделываемые, а также дикорастущие полезные, сорные и вредные растения; таким образом, она является лишь специальной отраслью общей ботаники, ограничиваемою выбором имеющих отношение к сельскому хозяйству и подлежащих научному изучению растений". Особое внимание он уделял сбору коллекции семян различных культур, изучению стабильных и лабильных признаков растений, географии их распространения. Им, по единой методике, было организовано географическое изучение коллекции на нескольких пунктах. Коллекция ячменей, собранная Р. Э. Регелем, в 1920 году насчитывала 2932 образца. Таким образом, основные направления работы современного ВИРа ― сбор растительного материала и его географическое изучение, были чётко определены Р. Э. Регелем. Кроме того, Р. Э. Регель особо подчёркивал, что
