Расселение домовых мышей в Европе произошло, вероятно, в конце неолита и более позднее время. Генетическая дистанция между различными формами мышей позволяет считать, что они дивергировали еще до заселения Европы. Вероятно, домовые и курганчиковые мыши превратились в классические аллопатрические (т. е. ареалы которых не перекрываются) виды на изолированных участках территории Азии. Таким образом, намечаются два центра видообразных домовых мышей: на севере Африки и Среднем Востоке.
Палеонтологический материал, который мог бы пролить свет на происхождение домовых мышей, крайне скуден. Экспедиция известного антрополога Луиса Лики в 1959 г. во время раскопок в Олдувайском ущелье обнаружила на месте стоянки древних предков человека костные остатки мышей М. petteri (нижний плейстоцен Африки), которые по размерам были сходны с домовыми мышами. Судя по сохранившимся ископаемым костям и по другим признакам, эти зверьки сильно отличались от современных домовых мышей. Из среднего плейстоцена известны остатки скелета M. musculus, найденные в районе стоянки древнего человека в Китае. Отдельные косточки представителей рода Mus из слоев среднего плейстоцена обнаружены при раскопках в Западной Азии и Европе, на Кавказе, около Бухареста, в Греции. Мышиные остатки, как правило, столь малочисленны и фрагментарны, что по ним очень трудно судить об образе жизни и родственных связях их обладателей. Далеко не всегда можно с уверенностью утверждать, что они принадлежат именно представителям рода Mus. Из верхнего плейстоцена кости мышей найдены поблизости от Палермо (Италия), в Палестине и на Крите. Похожие по многим морфологическим признакам на современных домовых мышей зверьки обитали на Кипре. Начиная с голоцена палеонтологический материал становится богаче. Свидетельства пребывания Мики Мауса обнаружены на Кавказе, Мальте, в иберийской части Замбии, на севере древней Германии и на Британских островах.
Находки палеонтологов и археологов мало что говорят об одном из самых интересных вопросов — о связи мышей с человеком. Вероятно, па стоянки древних предков человека костные остатки этих зверьков могли попасть в желудках и с экскрементами более крупных животных, на которых охотились первобытные люди. Первые свидетельства присутствия мышей в человеческих поселениях обнаружены в Турции при раскопках неолитического города Чатал Ююк (6500—5600 гг. до н. э.). Интересно, что у истоков развития человеческой культуры мышиные косточки играли определенную ритуальную роль: в захоронениях Чатал Ююк оказались многочисленные черепа и лапки мышей. Антропологи предполагают, что они должны были напоминать умершему о его ручных зверьках или обеспечивать ему пищу в пути. Судя по костным остаткам, найденным на Иберийском полуострове в отложениях бронзового века, там обитали уже две формы мышей: комменсальная и дикая. Найдены доказательства присутствия мышей в городах Древнего Египта и Южной Европы. Вероятно, от домовых мышей страдали жители не всех городов древнего мира. Например, в Помпее не обнаружено костных остатков этих грызунов.
