В подобном же духе действовали иезуиты и в Индокитае, где им пришлось столкнуться с развитыми конфуцианской и буддийской культурами. Во главу угла они ставили основательное изучение страны, фундаментальное знание языка, местных нравов и обычаев. Миссионер должен был провести всю жизнь в одной стране, «натурализоваться» в ней, жить одной жизнью с местным населением и тем самым заслужить его доверие. Александр де Роде, которого считают «отцом» вьетнамской церкви, прибыв в Южный Вьетнам в 1624 г., первым среди миссионеров начал читать проповеди на вьетнамском языке, он же, продолжая работу Франсуа де Пина, окончательно оформил латинизированную вьетнамскую письменность «куокнгы», составил латинско-вьетнамский словарь, перевел на вьетнамский ряд важнейших богословских произведений. В Сиаме (Таиланде) группа миссионеров во главе с Луи Лано, готовясь к работе среди таи, тщательно изучала тайский язык и священную литературу буддистов.
В то же время иезуиты понимали, что, во-первых, их союзником в Дальневосточном регионе в Юго-Восточной Азии является исторически сложившаяся веротерпимость, возможность целых групп населения исповедовать не одну, а сразу несколько конфессий, а, во-вторых, что все же в глазах местных жителей они мало чем отличаются от представителей других многочисленных там религиозных сект и философских школ. Поэтому они старались сочетать религиозную проповедь с распространением полезных знаний. Каждый миссионер-иезуит должен был в совершенстве знать хотя бы одну точную науку и одно ремесло или искусство, например, астрономию и часовое дело, медицину и архитектуру, математику и артиллерийское дело, кораблевождение и живопись.
Понимание того, что миссионеру в Азии приходится работать в условиях, принципиально отличных от европейских, заметно в миссионерской деятельности М. Риччи в Китае, Р. де Нобили в Индии, Александра де Роде в Индокитае. С учетом опыта этих миссионеров Конгрегация пропаганды веры в 1659 г. разработала специальную инструкцию, в которой, в частности, говорилось: «Ни в коем случае не усердствуйте, пытаясь заставить народы изменить их обряды, обычаи и нравы, если они прямо не противоречат религии и морали. Что может быть абсурднее стремления перенести к китайцам Францию, Италию или иную европейскую страну? Утверждайте среди них не наши страны, а веру».
Однако далеко не все миссионеры прислушивались к указаниям из центра. В этом проявились столкновения и борьба двух методов евангелизации, каждый из которых имел в католической церкви своих сторонников. Борьба эта особенно остро протекала во второй половине XVII – первой половине XVIII в., и, видимо, ею объясняется, на первый взгляд, странное соперничество, доходящее порой до открытой конфронтации как между монахами-миссионерами, так и между самими монашескими орденами. Большинство иезуитов проводили курс на деевропеизацию христианства и требовали признания и принятия в азиатских культурах тех элементов, которые не противоречили духу Евангелия.
