Недальновидная, мягко говоря, политика советского руководства привела к тому, что вскоре начался массовый отъезд русских эмигрантов из Китая — в США, Австралию, Новую Зеландию, страны Латинской Америки и т. д. Часть православных, правда, вернулась на Родину, но многие потом горько пожалели, что поддались на сладкозвучные слова советской пропаганды. Жизнь для истинно верующих в СССР была очень тяжелой. Хотя, заметим, и для оставшихся в Китае она тоже была нелегкой.
После настойчивых просьб митрополита Харбинского Мелетия и начальника миссии архиепископа Пекинского Виктора о воссоединении с матерью — Церковью в декабре 1945 года было принято постановление Священного Синода Русской Православной Церкви, согласно которому в состав Московского Патриархата вошли дальневосточные епархии на территории Китая. В июне 1946 года был образован Восточно-Азиатский экзархат Московского Патриархата, включавший в себя Харбинскую и Пекинскую епархии. Разумеется, гоминьдановским властям Китая все это очень не нравилось. Зная о патриотической позиции архиепископа Виктора, они даже арестовали его по ложному обвинению во время поездки русского владыки в Шанхай.
Журнал Русской духовной миссии в Китае «Китайский благовестник» писал: «Весть об этом событии всколыхнула весь многонациональный Шанхай, не говоря уже о русской колонии, остро переживавшей заточение своего духовного главы… В газетах стали публиковаться письма с выражением симпатии православным христианам и самому архипастырю». Только после вмешательства представителей советского консульства владыка был освобожден из гоминьдановских застенков.
Но, к сожалению, среди православного духовенства в Китае произошел раскол: часть священников во главе с епископом Шанхайским Иоанном (Максимовичем) продолжала оставаться под омофором Русской Зарубежной Церкви. Еще до провозглашения Китайской Народной Республики епископ Иоанн с большей частью своей паствы эмигрировал в США.
Тем не менее в 1949 году численность православных разных национальностей достигла в Китае 100 тысяч человек. Существовало более 100 православных храмов — как на севере, так и на юге страны, в крупнейших городах и провинциях. Только в Харбине насчитывалось 23 православные церкви с 45 тысячами верующих, в большинстве своем русских. Еще примерно 60 тысяч православных жили в других районах Китая — в Пекине, Тяньцзине и Шанхае, Внутренней Монголии и Синьцзяне.
Приход к власти коммунистов во главе с Мао Цзэдуном в октябре 1949 года добавил новые проблемы для православных в этой стране. Но полная катастрофа произойдет позже.
