Энергичные действия графа Д.А. Толстого не обманули ожиданий: определением Святейшего Синода от 17 марта 1866 г., Высочайше утвержденным 19 марта, был учрежден новый особый Комитет, для окончательного обсуждения и составления проекта устава семинарий. Материалами Комитета служили отзывы епархиальных преосвященных и епархиальных комитетов на проект 1862 г.
Председателем Комитета был назначен митрополит Киевский Арсений (Москвин), его помощником – епископ Нижегородский Нектарий (Надеждин), недолгий участник Комитета 1860 г. Состав нового Комитета был разнообразен: ректор КДА архимандрит Филарет (Филаретов), инспектор МДА архимандрит Михаил (Лузин), главный священник армии и флотов протоиерей М.И. Богословский, законоучитель Николаевского Сиротского института протоиерей П.В. Лебедев, ректор Санкт-Петербургского университета А.А. Воскресенский, член Совета министров В.Д. Ржевский, состоящий при Министерстве народного просвещения А.Н. Тихомандрицкий и директор Канцелярии обер-прокурора Святейшего Синода Н.А. Сергиевский[366]. Обер-прокурор не входил официально в состав Комитета, оком и гласом его был директор Канцелярии. Преемство по составу с Комитетом 1860–1862 гг. было минимальным: кроме епископа Нектария, лишь протоиерей М.И. Богословский. Пожелания Т.И. Филиппова, высказанные в 1860 г., о более активном привлечении к реформационным обсуждениям профессоров духовных академий, как лучших знатоков дела, были учтены лишь отчасти: два архимандрита, даже выражая согласное мнение академий, не могли составить численный перевес. Введение в состав Комитета представителей светского образования было естественно, ввиду разрешения семинаристам поступать в университеты, но в духовных кругах вызвало подозрение: не желает ли обер-прокурор сделать духовно-учебные заведения частью общеобразовательной системы.
Разнородный состав Комитета представил разнообразные мнения по вопросу о направлении духовно-учебных преобразований. Преосвященный председатель в первой же речи к членам Комитета заявил себя сторонником сохранения Устава 1814 г., очищенного от позднейших изменений: он вполне соответствует цели и основным задачам духовных школ, допускает усовершенствование, требуемое временем, развитием наук и современным положением Российской Церкви и общества. Задача Комитета, по мнению митрополита Арсения, состояла в отработке конкретных вопросов, а не в «бесплодных прениях» и «увлечении утопиями»
