Ни один из этих вариантов не являлся вполне удовлетворительным, к каждому предъявлялись претензии. Богословская специализация академий лишала духовную школу педагогической самостоятельности и имела в перспективе проблему «богословской» многопредметности. «Консервация» подразумевала искусственные приемы: стабилизацию содержания учебных программ, противоречащую естественному развитию наук, или специализацию «дополнительных» разделов наук. Открытая модель усиливала многопредметность, требуя внутренней специализации в той или иной форме. Можно согласиться с В.Ф. Певницким: составить из этих проектов и предложений единое «мнение» не представлялось возможным.
После получения проектов Конференций разработка реформы духовных академий приняла активную форму. 28 июня (5 июля) 1867 г. состоялось определение Святейшего Синода, Высочайше утвержденное 15 июля, об учреждении особого Комитета для обсуждения вопроса о преобразовании духовных академий и для составления нового устава духовных академий[428]. Председателем этого Комитета предположено было назначить архиепископа Нижегородского Нектария (Надеждина), «как председательствующего в бывшем Комитете по преобразованию духовных семинарий и училищ» 1866 г.[429] Однако состав Комитета определен не был, об этом было решено «судить особо».
Как показала деятельность Комитета 1866–1867 гг., преосвященный Нектарий положительно относился к планируемым гр. Толстым преобразованиям, при этом собственных идей и планов не имел. Некоторые современники оценивали эту позицию более резко: «Нектария светские притянули потому, что он неустойчив в мнениях, а потому его можно будет склонить и против мнения прочих духовных, когда захочется провести что-либо такое вопреки настоянию прочих духовных». В процессе работы «семинарского» Комитета в духовно-учебных кругах неоднократно замечали, что «Нектарий сильно клонит на сторону светских»[430]. Архиепископа Нектария считали к этому времени в церковных кругах «человеком Толстого», ибо обер-прокурор принимал в нем участие. В 1866 г. епископ Нектарий, вызванный для присутствия в Синоде, был назначен заместителем председателя комиссии по преобразованию духовно-учебных заведений, а после отбытия преосвященного Арсения в епархию стал председателем. И хотя Комитет работал непросто и не сумел прийти к единому мнению, преосвященный Нектарий при этом проявил стойкость и определенное искусство, сохранив верность линии графа Толстого
