Но попытки ответить на вопрос о соотношении задач академий открыли более глубокие проблемы: 1) неопределенность главной цели деятельности академий и отсутствие структурирующей идеи построения учебного плана; 2) неопределенность внутренней структуры богословия, не позволяющая выделить возможные направления богословской специализации; 3) неопределенность отношения богословия с другими науками. Эти нерешенные проблемы имели следствием неопределенность состава наук духовных академий в целом и в учебном плане каждого студента, места небогословских наук в духовных академиях.
Анализ содержания проектов 1867 г. позволяет разделить их на два основные направления: 1) утверждающие абсолютный приоритет специально-богословской задачи духовных академий перед обще-педагогической (проект большинства СПбДА; мнение протоиерея И. Базарова); 2) настаивающие на равноценности общепедагогической задачи академий (все остальные). Первое направление предлагало приблизить академии по составу наук к богословским факультетам, хотя и с подчинением Святейшему Синоду. Второе направление, соглашаясь с необходимостью научно-учебного богословского развития академий, вменяло им в обязанность готовить преподавателей-специалистов по всем наукам семинарского курса.
Все остальные вопросы деятельности духовных академий проекты решали, исходя из двух принципов: 1) создание условий для учебно-научной специализации преподавателей духовных академий; 2) предоставление всем членам преподавательских корпораций возможности активно участвовать в учебном процессе и решении связанных с ним вопросов.
В проектах можно выделить три основных принципа построения высшего духовного образования: 1) богословская специализация академий; 2) «консервация» состава наук, сложившегося к 1860-м гг.; 3) «открытая модель» соответствия духовного образования современным запросам, научным и общественным.
При варианте богословской специализации присутствие и постановка светских наук определялись исключительно их полезностью для богословского образования. При варианте «консервации» естественному процессу дифференциации наук противопоставлялось их укрупнение. При варианте «открытой модели» или «развития» состав наук специально не сдерживался, определяясь потребностями науки, общественными запросами к духовенству и т. д. (П.С.) Некоторые проекты предлагали комбинации этих принципов по отношению к наукам богословским и светским: например, «консервация» наук светских при развитии богословского состава (КазДА).
