В борьбе против этой реальной угрозы страстные ревнители веры использовали не только открытый протест, но и внутридворцовые интриги, политиканство. Они добились своего: деятельность Библейского общества была пресечена, работы по переводу Библии на русский язык прекратились, князь Голицын снят с поста главы церковного ведомства. Удар был нанесен и лично по святителю Филарету: был запрещен составленный им Катехизис и приостановлено распространение его проповедей, которые сочли «неправославными».
Бурные события в церковной жизни по времени совпали с потрясениями в жизни государственной, и к ним также оказался причастным святитель Филарет. В июле 1823 года государь Александр Павлович поручает ему в строжайшей тайне составить Манифест о передаче прав на российский престол от цесаревича Константина, отказавшегося от престола, великому князю Николаю Павловичу. В ноябре – декабре 1823 года, после внезапной кончины Александра I, вследствие формально-законодательных причин образовалось положение междуцарствия. Святитель Филарет оказался в сложнейшем положении «хранителя светильника под спудом»: зная истину, он не смел открыть ее из опасения возрастания смуты в государстве. Твердость и мудрость Святителя были отмечены новым государем, Николаем Павловичем, пожаловавшим архипастырю 22 августа 1826 года сан митрополита Московского и Коломенского.
Однако и в это царствование святитель Филарет в равной мере испытал и милость царя, и высочайшее неудовольствие. После произнесения Святителем 18 сентября 1830 года проповеди в связи с постигшим Москву бедствием – эпидемией холеры, – государь Николай Павлович разгневался на Московского митрополита: тот посмел в проповеди рассуждать о впавшем в искушение царе Давиде, за грехи которого Пророк Божий и послал наказание народу. Впрочем, при личном свидании конфликт был разрешен.
Впоследствии гнев царя вызывали как сопротивление святителя Филарета заключению браков некоторыми царскими приближенными в нарушение церковных канонов, так и отказ Святителя от освящения Триумфальных ворот в Москве, украшенных языческими изображениями; как неявная поддержка святителем Филаретом усилий отдельных священнослужителей, продолжавших работать над переводом Библии на русский язык, так и открыто выражавшееся Святителем недовольство жандармскими доносами на архиереев. Это привело к тому, что в 1842 году владыка был удален из Святейшего Синода (при сохранении звания члена Синода). Однако ему было позволено переиздавать Катехизис, ему были пожалованы высшие ордена Империи, ибо слишком значима была роль митрополита Филарета в церковных делах, слишком уважаем и почитаем был он по всей России.
