13 августа 1821 года архиепископ Филарет прибыл в Москву уже в качестве главы епархии.
На следующий день в Успенском соборе Московского Кремля он произнес слово при вступлении в управление Московской епархией: «Итак, единая для нас надежда мира с Богом есть милость Бога мира, по которой Он не только не хочет мстить нам за греховную против Него вражду, но и хочет нас освободить от порабощающих нас сею враждою врагов Его и наших; не только не взыскует от нас невозможного с нашей стороны удовлетворения Его правосудию, но и приемлет на Себя удовлетворение оному за нас ходатайством и Крестным подвигом Единородного Сына Своего; признаёт нас достойными наслаждаться миром Его, превосходящим всяк ум (ср.: Флп. 4, 7), как скоро мы признаём собственное недостоинство и утверждаем надежду нашу в Его милосердии… С нашей стороны вера, молитва и смирение открывают в нас ток горнему источнику благодати…».
Новый владыка заводит новый уклад жизни на Троицком Подворье, что находилось на Самотёке вблизи шумного московского торжища. Он сам принимает всех просителей, даже самых неприглядных юродивых. В августе на Подворье появляется А.П. Святославский, сначала в качестве писца, а затем – секретаря владыки и служит ему до самой своей кончины в 1856 году. Установлен иной, чем ранее, порядок рассмотрения церковных дел в консистории: теперь все дела посылаются на просмотр владыке, который утверждает или не утверждает решения консистории. В октябре отдается распоряжение о начале капитального ремонта в Свято-Троицкой Сергиевой Лавре. Духовную семинарию владыка переводит с московской окраины Перервы в Москву, в Заиконоспасский монастырь, что вблизи Кремля.
Владыка Филарет не забывает о родных. Вместе с ними скорбит в конце 1821 года о кончине дедушки, Никиты Афанасьевича Филиппова.
Его регулярно вызывают на зимнюю и летнюю сессии Святейшего Синода, где работы много, и он работает не покладая рук, за себя и за всех остальных членов Синода.
Святитель вспоминал позднее: «Преосвященный Серафим прежде был ко мне расположен, а тут неудовольствие вышло из-за Катехизиса. Может быть, мои несколько горячие объяснения усилили его». Это сдержанное самопризнание о «некоторой горячности» стоит многого. Видно, пламенный характер Московского митрополита в те годы приводил к прямым и ожесточенным спорам. Впрочем, на текущих делах эти конфликты не сказывались. Первоприсутствующий в Синоде митрополит Серафим (Глаголевский), как правило, даже не просматривал всех решений, предлагаемых Московским владыкой, а прямо подписывал их, за ним подписывали и другие члены Синода.
