Например, спустя месяц после хиротонии владыка Филарет вместе с царским Двором отправился в Москву. Там предстояла закладка храма в честь Рождества Христа Спасителя – дело явно благое. Смущало многих москвичей то, что по мысли молодого архитектора А. Витберга строительство предполагалось осуществить на Воробьевых горах – самой возвышенной точке города и самой окраинной, там и жилья-то поблизости не было. Кто придет туда молиться? А если не будет молящихся – для чего же храм? Наконец, первоначальный величественный проект Витберга был воодушевлен мистическими идеями «всеобщей христианской религии» и выполнен в стиле западных храмов. Не лежало сердце Филарета к этому проекту, но воля царская – закон, и он смолчал, присутствовал на закладке храма.
15 марта 1819 года именным высочайшим указом епископу Филарету повелено быть архиепископом Тверским и членом Святейшего Синода. Несколько месяцев ушло на завершение дел в академии, он не мог пропустить выпускные экзамены в июле. Тем временем навалились дела синодальные, он внимательнейше прочитывал десятки дел и выносил свое суждение, как правило благоприятное, на общее рассмотрение собратьев-архиереев. Он испытывал большое удовлетворение от этих трудов, но, с другой стороны, ощущал вину перед тверской паствой и духовенством.
Лишь в мае 1820 года архиепископ Тверской Филарет смог отправиться на объезд своей епархии. За три месяца он объехал все приходы, произнес несколько проповедей в Твери, начал благоустраивать епархиальную семинарию. А уже 26 сентября 1820 года именным высочайшим указом архиепископу Филарету повелено быть архиепископом Ярославским. В Ярославском крае владыке и побывать не удалось, только успел между заседаниями Святейшего Синода направить приветственное послание к ярославской пастве.
3 июля 1821 года именным высочайшим указом архиепископу Филарету повелено быть архиепископом Московским и Свято-Троицкой Лавры архимандритом с присутствием в Московской синодальной конторе.
Это назначение, как и предыдущие, произошло без воли самого Филарета, он покорялся воле царской, а Александр Павлович в то время к нему крайне благоволил. Безусловно, имелись и другие кандидаты, и недоброжелатели Филарета утверждали, что он чрезмерно молод и неопытен для подобного назначения. Однако и доброжелатели Филарета не молчали. Сам он писал своему московскому знакомому графу С. П. Потемкину: «Сохрани меня Бог, чтобы я, как говорите, отвергал вас, то есть Москву. Я отвергал сам себя. Но отречение мое не помогло. Жребий, который мне выходил и который я опять хотел положить в урну, вынут рукою, от которой уже нельзя не принять его. Теперь не отвергните меня вы».
