Всё её существование было подчинено одной цели: умереть так, как хочет Гендо. Её сны были полны кошмаров, лицо стало бесстрастной маской, забывая как это — улыбаться. Сначала она задумывалась: «а правильно ли так жить?», и пыталась найти ответ на этот вопрос, но Рей почти ничего не знала об окружающем мире. Её научили только говорить, читать, писать и считать. Всё остальное она узнала из книг, которые изредка брала в библиотеке NERV, когда у неё были силы и возможность туда дойти. Но в большинстве своём там лежали либо узкоспециализированные труды учёных, либо базарное чтиво — любимое развлечение уборщиков на перекурах. Научные публикации в основном содержали слишком сложную и специализированную информацию, а затёртые и прокуренные книжонки в жирных пятнах зачастую противоречили научным фактам, а потому были отвергнуты, как недостоверные источники данных. Иногда, в перерывах между обследованиями и опытами, Рей могла немного поговорить с кем-то из персонала, но чаще всего её избегали. Некоторые вообще предлагали обратиться к врачу, но изредка она всё же добивалась своего. Хотя, чем старше становилась Рей, тем реже получала столь нужные ей ответы.
Перед тем, как её перевезли в новый дом, Командующий лично обучил Рей этикету и на этом обучение закончилось. Когда у неё должны были начаться менструации, ей удалили матку во избежание случайной беременности. Потом была реабилитация после операции и неудачный тест нерва А-10. Последнее, что помнила Аянами, было лицо Икари Гендо, вытаскивающего её из раскалённой капсулы. Потом была только тьма, полная страданий и редкие вспышки просветления. Самыми ужасными были те минуты, когда она лежала в подсобке возле ангара, ожидая приказа Гендо атаковать Ангела. Сцену боя возле Евы-01 Рей помнила смутно, но взгляд нового пилота чётко отпечатался в её памяти. Потом снова была боль, успокаивающие прикосновения чьих-то рук и забвение. Она испугалась, увидев его так близко к себе в палате: уж слишком он был похож на своего отца. Но во взгляде младшего Икари не было никакой злости, раздражения или обвинений в том, что она слаба — только забота.
Однако больше всего девушку заинтересовали странные способности её нового знакомого — она чувствовала, как что-то внутри реагирует на его манипуляции, ощущала, как мир менялся по его воле, когда он делал что-то, выходящее за рамки обычного человека. При этом ему так важно её функционирование, что после того, как она потеряла равновесие, Икари через две секунды был в её квартире. Всё в поведении нового знакомого было новым, необычным, ломало её картину мира, которую Икари Гендо создавал годами. Кроме всего прочего, её тело тоже странно реагировало на парня: когда он прикасался к ней, то в паху появлялось новое, настойчивое чувство, которое нельзя назвать неприятным, но которое чего-то требовало от неё. Количество вопросов росло, а найти ответы Рей была не в состоянии. Решив для себя, что раз Икари Синдзи является причиной всех этих изменений, то у него и следует искать ответы, она успокоилась и начала постепенно засыпать. Боль после перевязки постепенно отпускала, так что сон медленно начал завладевать разумом создания, так похожего на обычную девушку. Рей сама не заметила как заснула. Впервые за долгие годы ей снились не пытки-эксперименты, не полные безупречной логики унижения Командующего, не боль и кошмары, а синие глаза, смотрящие на неё с лёгкой усмешкой и заботой из-под тёмной чёлки.
