Несмотря на историческую краткосрочность своего существования (до 4 мая 1946 г.), «СМЕРШ» вписал немало незабываемых страниц в историю не только Советского Союза, но также Германии, Болгарии, Румынии, Венгрии, Югославии, Австрии и Польши.
ГКО обязал управления военной контрразведки «СМЕРШ» (УКР «СМЕРШ») фронтов и отделы «СМЕРШ» армий, корпусов, дивизий и бригад информировать Военные Советы и командование соответствующих частей, соединений и учреждений РККА, военных округов о результатах борьбы с агентурой противника, дезертирством, изменой Родине, об антисоветских и других негативных проявлениях в армии. Помимо этого, начальники управлений и отделов «СМЕРШ» фронтов, армий и военных округов имели право присутствовать на заседаниях соответствующих Военных Советов.
Центральный аппарат ГУКР «СМЕРШ» насчитывал 646 штатных единиц и располагался, совместно с НКВД и НКГБ СССР – их повторное разделение состоялось 14 апреля 1943 г., в доме 2 на площади Дзержинского, на четвертом и седьмом этажах.
Приказом И. В. Сталина в июне 1943 г. «для подготовки и переподготовки оперативного состава органов «СМЕРШ» были образованы 4 постоянные школы (две в Москве, в Ташкенте и Хабаровске) со сроком обучения от 6 до 9 месяцев, а также 4-х месячные курсы в Новосибирске и Свердловске. Первоначальный штат курсантов устанавливался в 1750 человек, но в дальнейшем он был увеличен как за счет создания новых школ (Новосибирск, Ленинград), так и за счет расширения контингентов обучаемых.
В мае 1943 г., в связи с подготовкой и обеспечением скрытности операции на Курской дуге, по настоянию Абакумова ГУКР «СМЕРШ» было передано ведение радиоигр с противником. В этот период для дезинформирования германского командования были задействованы 9 радиостанций в районе Курска, две радиостанции перевербованных германских агентов в Москве, по одной радиостанции в Пензе и Саратове. При этом, как Л. П. Берия докладывал в ГКО, в июне 1943 г. НКВД продолжалось ведение 24 радиоигр с противником (65 ранее проводившихся радиоигр уже были прекращены). В этой связи обращаем внимание на некорректность встречающегося утверждения о том, что органами военной контрразведки («СМЕРШ») в годы войны были проведены 183 радиоигры с противником, поскольку не менее трети из них, особенно в 1942 – начале 1943 г., велись органами НКВД-НКГБ.
Нельзя не отметить, что В. С. Абакумов объективно показал себя талантливым организатором и руководителем военной контрразведки. К числу его несомненных достижений относится, в первую очередь, разработка в кратчайшие сроки ряда инструктивно-методических документов для действий оперативного состава: Инструкции по организации ведения радиоигр с противником (объявлена директивой ГУКР «СМЕРШ» НКО от 16 июля 1943 г.) и Инструкции по организации розыска агентуры разведок противника (директива ГУКР «СМЕРШ» от 9 сентября 1943 г.). Данные документы были призваны рационализировать, с учетом приобретенного опыта, работу военных контрразведчиков, что способствовало повышению ее эффективности и результативности.
