Однако в 1986 году разразился новый скандал, вызванный поступившей в Конгресс информацией о том, что представители администрации Рейгана, вопреки официальным заявлениям, поставляли Ирану вооружение и военную технику (ВВТ) в обмен на содействие в обеспечении американских заложников, удерживаемых в Ливане (афера, ставшая впоследствии известной как «Иран-контрас», или «Ирангейт»). Начатая членами аппарата СНБ операция завершилась при поддержке ЦРУ и МО в соответствии с решением, утвержденным лично президентом Рейганом в январе 1986 года. Вскрылось также то, что сотрудники аппарата СНБ, участвовавшие в сделке, завышали цены на продаваемое Тегерану ВВТ, а вырученные деньги использовали на поддержку антикоммунистических повстанцев-контрас в Никарагуа, тогда как такая помощь была запрещена законом.
В декабре 1986 года по инициативе администрации президента была назначена специальная комиссия под руководством бывшего сенатора Джона Тауэра. Спустя три месяца комиссия опубликовала доклад, в соответствии с рекомендациями которого предлагалось в том числе без проведения каких-либо серьезных организационных мероприятий разработать новый свод норм для проведения секретных операций, а также рассмотреть вопрос об объединении двух комитетов Конгресса в один.
В свою очередь законодатели сформировали свой так называемый следственный комитет, который после проверки аферы выдвинул предложение о введении в ЦРУ должности генерального инспектора и ужесточении требований к докладам в надзорные комитеты Конгресса о тайных операциях.
По результатам расследования этого дела, в том числе с привлечением специального прокурора Лоуренса Уолша, к уголовной ответственности были привлечены некоторые сотрудники СНБ, ЦРУ и МО.
Между тем законодательный акт, предписывавший создание в ЦРУ должности генерального инспектора, вступил в силу в 1989 году. Несмотря на то, что генинспектор находился в подчинении ДЦР, уволить его мог только президент. Кроме того, закон требовал от генерального инспектора предоставления в комитеты Конгресса по разведке полугодовых отчетов, суммирующих выявленные проблемы и принятые меры по их решению.
Принятый в 1986 году Закон Голдуотера — Николса, предусматривавший кардинальные преобразования в системе управления военной машиной страны, внес существенные изменения в структуру и функциональные обязанности руководства Министерства обороны и в целом усилил тенденции централизации управления национальными вооруженными силами. Этим законом напрямую не затрагивалось Разведывательное сообщество, но для последующих преобразований в его военной составляющей были заложены определенные основы.
