После же обострения внутриполитической ситуации в США, переросшего в Гражданскую войну (1861–1865) между северными и южными штатами единого государства (Война между Севером и Югом), руководство северян было вынуждено организовать борьбу с многочисленными диверсантами и шпионами конфедератов (южан), активно включившихся в работу по дестабилизации хозяйственной жизни на территории противника и добыванию информации о военном потенциале северян. Существенную помощь северянам в организации контрразведывательной службы оказал к тому времени уже получивший широкую известность детектив Аллан Пинкертон, который, пользуясь фактом личной дружбы с американским президентом Авраамом Линкольном, довольно быстро обеспечил привлечение к данной специфической работе агентов из своего частного детективного бюро [5].
По рекомендации генерала Уинфилда Скотта военный министр Эдвин Стэнтон назначил хорошо зарекомендовавшего себя как опытного разведчика Лафайетта Бейкера начальником Национальной детективной полиции, находившейся в автономном подчинении Разведывательной службы Союза (северных штатов) (РСС), с присвоением ему звания капитана [15]. На этой должности Бейкер развил бурную деятельность, создав, по словам исследователя спецслужб американского специалиста Майкла Сулика, «атмосферу всеобщей подозрительности и, по сути, террора на подконтрольной северянам территории». Агенты Бейкера задерживали и арестовывали сотни людей по подозрению в шпионаже, среди которых, правда, лишь единицы были на службе разведки южан [3, р. 4]. Однако своего контрразведка северян добилась: активность шпионской и диверсионной деятельности в подконтрольных северянам районах резко пошла на убыль. За заслуги в деле обеспечения внутренней безопасности государства президент США Авраам Линкольн в конце Гражданской войны присвоил Бейкеру звание полковника. Тем не менее парадоксальная ситуация с военной разведкой и контрразведкой США, уже имевшая место после обеих войн за независимость, повторилась вновь: обе службы опять стали влачить жалкое существование, не рассматриваясь военно-политическим истеблишментом страны в качестве актуальных.
После окончания Гражданской войны и вплоть до начала XX века Вашингтону не было дела до развития вооруженных сил, и, соответственно, военно-политический истеблишмент страны мало волновали проблемы обеспечивающих ВС структур — разведки и контрразведки. Руководство США было целиком поглощено восстановлением разрушенного войной хозяйства и проблемами интеграции южных штатов в фактически вновь организованное федеральное государство. Существенно сокращенные вооруженные силы и недостаточно боеспособная национальная гвардия в этот период задействовались лишь для выполнения карательных функций по подавлению индейских восстаний и периодически возникавших трений с южным соседом — Мексикой вокруг проблемы включения/невключения в состав США новых территорий. Решениями Конгресса значительно урезанная и слабо финансируемая Секретная (разведывательная) служба (СС), приобретшая опыт разведывательной и контрразведывательной работы в ходе Гражданской войны, была подчинена министерству финансов, без какой-либо привязки к военному ведомству. Ее функции в тот период были ограничены борьбой с финансовыми преступлениями, контрабандой, торговлей наркотиками и т. п. [18].
