Как-то в боярском совете он громко поинтересовался, почему так долго не видит подле себя Годунова. Федор Федорович Нагой, обрадовавшись случаю напомнить о себе и заодно очернить окольничего в глазах царя, сказал, что Годунов сидит дома, досадуя и злобясь на государя за полученные увечья. Иван Васильевич, скучавший по веселому и услужливому любимцу и чувствовавший свою вину перед ним, сам поехал на дом к Годунову узнать истину. Борис, встретивший царя в постели, в исподнем, показал ему свои раны. Их неоднократно прижигали, но некоторые из них еще гноились. Иван Васильевич обнял больного, умолял простить его. Потом поинтересовался, как зовут целителя, который так искусно прижег раны Годунова. Узнав, что это купец Строганов, в знак особенной милости пожаловал ему право называться полным отчеством, как именитые мужи, и велел в тот же день сделать прижигания на груди и боках своего тестя, клеветника.
Издевательство над Нагим было вызвано, видимо, новой вспышкой ненависти царя к Марии. Беременная супруга окончательно опостылела ему. Иван Васильевич возобновил проекты брачного союза с английским королевским домом. В августе 1582 года он послал в Лондон дворянина Федора Писемского обговорить условия его брака с Мэри Гастингс, племянницей королевы Елизаветы. О Марии Писемскому велено было сказать, что хотя у царя и есть жена, но она не какая-нибудь царица, а простая подданная, не угодна ему и ради королевиной племянницы можно ее и прогнать.
Осенью двор переехал в Москву. Здесь 19 октября, в день памяти святого мученика Уара, Мария родила мальчика, нареченного при крещении Дмитрием. Возможно, имя для сына было выбрано ею в честь одного из своих предков. Нагие происходили из Дании. Их родоначальник Ольгерд Прега, в крещении Дмитрий, в 1294 году выехал из Дании к великому князю Михаилу Ярославовичу Тверскому, и был у него в боярах. Восприемником царевича был выбран князь Иван Федорович Мстиславский, потомок древних князей литовских, породнившихся с царствующим домом.
Зимой 1584 года стало ясно, что девятый брак царя не состоится. Писемский писал из Лондона, что племянница королевы больна оспой и притом не хочет переменять веры. У Марии, ежеминутно ожидавшей разлуки с сыном и пострижения в монастырь, отлегло от сердца. Но ее будущее по-прежнему представлялось неясным.
В январе Иван Васильевич заболел: у него распухли половые органы, внутренности гнили, тело царя издавало отвратительный смрад. Два месяца страшной болезни, которую врачи затруднялись определить, хотя усматривали ее причину в прежней развратной жизни и необузданных страстях царя, превратили его в дряхлого старика. Однако никогда еще он так сильно не хотел жить. Отчаявшись в искусстве иноземных врачей, он раздавал щедрые милостыни монастырям, искал спасения в ведовстве знахарей и знахарок, которых по его приказу привозили в Москву с далекого севера… Он то готовился к благочестивой кончине, каясь и выпуская из темниц заключенных, то, прогнав духовных, лютовал и распутничал, словно старался смертями и зачатиями утвердить собственную жизнь. Говорили, что однажды, распалясь похотью, он набросился даже на свою невестку Ирину Федоровну, пришедшую к нему с утешениями.
