Баранов начал безропотно сдавать дела. Вот тогда-то и выяснилось: недостачи не было ни в чем, даже наоборот — и денег, и товаров по всем позициям оказалось в наличии больше, чем значилось в документах. Гагемейстер не поверил — ведь слухи о воровстве в колониях доходили до Петербурга, о жестокости же самого главного правителя даже слагали легенды. Он начал сличать приходные ведомости не только с расходными, но и документами, которые подавали шкиперы всех приходивших иностранных кораблей. Результат был тот же. В одном только роме нашли значительную недостачу, но приписать его расход сильно не молодому правителю ни у кого из проверяющих не хватило духу.
Баранов так привык жить на краю света, что уезжать уже не хотел. Он готовился, сдав дела, переселиться со своей семьей в Озерский редут, который располагался в 30 верстах от Новоархангельска, чтобы там окончить свои дни. Для него уже и дом в редуте отделывали. Однако все вышло иначе.
В это время Гагемейстер заболел и вознамерился вернуться домой на корабле «Кутузов», сдав дела лейтенанту Яновскому. Неожиданно он потребовал, чтобы Баранов тоже покинул колонии и отправился вместе ним в Петербург. Баранов тяжело болел в это время, он не собирался в дальний путь, но принял этот новый удар стоически — только попросил разрешения взять с собой племянника и двух служителей.
Прощаться с ним приехали все тойоны местных племен, даже его старый враг Катлеан, с которым они когда-то воевали за Ситху. Баранов пользовался таким уважением среди местных племен, что нередко туземцы приезжали в Новоархангельск, чтобы только увидеть этого необыкновенного человека. Он мог бы нажить состояние в колониях, мог бы — но не нажил. Жажда богатства и накопительство были глубоко чужды ему. Он приехал в Америку нищим — и нищим уезжал из нее. И это было удивительно для всех, кто посвятил свою жизнь стяжательству.
До Петербурга он не доехал — умер в пути, сойдя на берег в Батавии (Джакарта) 16 апреля 1819 года. Его тело по морскому обычаю опустили в воды Индийского океана.
«Приняв в 1791 г. небольшую артель в Трехсвятительской гавани острова Кадьяк, — писал Хлебников, — он оставил в 1818 г. главную факторию в Ситхе, постоянные конторы для управления дел в Кадьяке, Уналашке и Россе и отдельные управы промышленности на островах Прибылова, в Кенайском и Чугацком заливах». Когда окидываешь взглядом сделанное Барановым за 28 лет, при полной неустроенности вначале, малому числу людей, на которых можно было опереться, то поневоле проникаешься уважением к человеку, напоминавшему своими подвигами титанов древности и героев античности, слава которых запечатлена в мифах и преданиях.
