В период деятельности Петра I заготовка лекарственных растений получает дальнейшее развитие. В это время во всех крупных городах (при военных госпиталях) были учреждены специальные казенные аптеки и при них аптекарские огороды. В 1754 г. Аптекарский приказ преобразован в Медицинскую канцелярию. Она издала инструкцию, в которой, в частности, указывалось, чтобы лекарственные растения «из чужих краев не выписывались».
Петр I уделяет большое внимание научному изучению отечественной флоры. С этой целью в Западную и Восточную Сибирь был командирован для сбора материалов аптекарь Д. Г. Мессершмидт. Огромное влияние на развитие фармакогнозии оказало создание Петром I Петербургской Академии наук (1724), которая собрала в своих стенах целый ряд выдающихся ученых, в том числе и многих крупных естествоиспытателей. Здесь были систематизированы все ранее известные сведения о лекарственных растениях, применяемых народами России. Первый этап деятельности Академии наук был отмечен ресурсно-экспедиционными исследованиями. В работе «Флора Сибири» видного ученого того времени И. Г. Гмелина (1709—1755) имеются указания о лекарственных свойствах растений. Еще больше таких сведений приведено в работах П. С. Палласа (1741 — 1811), автора «Флоры России» («Flora Rossica»), составленной им по материалам многочисленных экспедиций. М. В. Ломоносов активно помогал организации экспедиций, направляя в них своих учеников, выходцев из народа,— И. И. Лепехина, Н. Я. Озерецковского и др. На основе собранного материала фармацевт И. И. Георги составил первый список высших растений, насчитывающий 3220 видов, известных на территории России, а И. И. Лепехин и др. создали в 1778 г. первую русскую гражданскую фармакопею.
Большое значение имеет многотомный труд (1783— 1788) Н. М. Максимовича-Амбодика «Врачебное веществословие, или Описание целительных растений». Автором первого атласа лекарственных растений «Изображение растений, преимущественно российских, употребляемых в лекарствах, и таких, которые наружным видом с ними сходны и часто за них принимаются, но лекарственной силы не имеют» был А. А. Двигубский (1828). Известный русский агроном и публицист А. Т. Болотов в издаваемом им журнале «Экономический магазин» опубликовал несколько сот статей о применении лекарственных растений. А. П. Нелюбим издал двухтомную «Фармакографию». В развитие отечественной фармакогнозии много внес В. А. Тихомиров (1841 —1915). Его двухтомный «Учебник фармакогнозии» (1900) не утратил своего значения и до настоящего времени.
