Некоторые открытия в алхимии Ньютон сделал, наблюдая вещества в реторте, когда понял, что на них действовали какие-то силы. Он видел, что некоторые частицы притягиваются друг к другу, а другие отталкиваются при отсутствии физического контакта и какой-либо ощутимой связи. Иными словами, в алхимической реторте он наблюдал действие на расстоянии. Затем он начал осознавать, что это тоже могло быть действием тяготения и то, что он видел в микромире реторты и алхимического тигля, могло также происходить в макромире — мире планет и солнца.
Но, помимо оккультизма, на работу Ньютона влияли и другие факторы ненаучного характера. С середины 1670-х, когда ему было за тридцать, и до самой смерти в 1727 году Ньютон был одержим религиозными исканиями и потратил годы на изучение сравнительной теологии. Он верил в то, что философы дохристианских цивилизаций обладали огромным богатством тайных знаний, которые, будучи истолкованы современными мыслителями, могли дать ключи к отгадке основополагающих, фундаментальных механизмов Вселенной. Он потратил много лет, изучая первоисточники библейских сказаний, а также работы древних магов, занимавшихся алхимией.
Ньютон имел нелегкий характер, к тому же, по свидетельству его современников, не обладал чувством юмора. Рассказывают, что один студент, обучавшийся у Ньютона полтора года, лишь однажды видел его смеющимся — когда юноша спросил его, какую практическую пользу можно извлечь из геометрии Евклида. Ньютон был молчалив и предпочитал проводить время наедине с собой. С 1661 года и до того, как он покинул Кембридж и научное общество в 1696 году, он жил затворником, редко участвуя в жизни колледжа и только по необходимости покидая свою лабораторию.
Более двадцати лет Ньютон делил кров с теологом Джоном Уикинсом, которого встретил вскоре после поступления в университет. Уикинс, возможно, исполнял обязанности личного секретаря Ньютона, по крайней мере в ранние годы их знакомства. Для историка и биографа Ньютона это на удивление таинственная личность. Очевидно, он лучше всех знал Ньютона, но, к сожалению, не оставил практически никаких заметок о годах совместной работы и ничего об их личных отношениях.
В 1683 году Уикинс покинул Кембридж, приняв пост священника в деревне около Монмута. Возможно, они расстались враждебно, потому что больше никогда не общались. Причина их разрыва и довольно внезапного отъезда Уикинса остается загадкой.
Ньютон не раз конфликтовал почти со всеми своими современниками, и было мало тех, кого он мог назвать друзьями. Многие были знакомы с Ньютоном и высоко ценили его удивительные таланты, но никто по-настоящему не знал его. Он был скрытным и вспыльчивым и ревниво охранял свое положение одного из самых значительных ученых своего времени.
