Деньги Рокфеллеров позволили построить для института новое специализированное здание, удовлетворявшее всем изначальным требованиям Э. Крепелина к проекту: планировке, просторности и другим параметрам. Новое здание Германского Института психиатрических исследований в Мюнхене было торжественно открыто в 1928 году, уже после смерти Э. Крепелина (1926). С 1945 года это Институт психиатрии имени Макса Планка в Мюнхене.
Э. Крепелин был не только автором идеи создания Института психиатрических исследований в Мюнхене, но и его основателем, а затем – первым ректором (научным и административным руководителем) созданного им института. При этом он продолжал совмещать с новым постом должности заведующего кафедрой (или, как тогда говорили, «первого профессора») психиатрии Мюнхенского университета и директора университетской психиатрической клиники.
В 1922 году здоровье Э. Крепелина, которому исполнилось 66 лет, ухудшилось и он принял решение уйти на пенсию и оставить все занимаемые им академические и административные посты. После выхода на пенсию, в 1922 году в знак признания научных заслуг он был избран почетным ректором Германского Института психиатрических исследований в Мюнхене и стал почетным профессором кафедры психиатрии Мюнхенского университета.
По словам дочери ученого Антони Шмидт-Крепелин, в последние годы жизни Э. Крепелин серьезно увлекся изучением буддизма, даосизма, конфуцианства и в целом восточной философии и восточных духовных практик. Он также планировал посетить буддийские святыни, но так и не успел осуществить свое желание.
Кроме того, последние годы жизни Э. Крепелин посвятил работе над новым, усовершенствованным и дополненным, переизданием своего знаменитого «Учебника психиатрии». Это переиздание увидело свет уже после смерти Э. Крепелина. В качестве почетного ректора и почетного профессора он продолжал оказывать помощь в работе и консультировать по различным вопросам новое руководство Германского Института психиатрических исследований и нового заведующего кафедрой психиатрии Мюнхенского университета.
В 1926 году Э. Крепелину исполнилось 70 лет. Он не только не пожелал как-либо отмечать юбилей, но и запретил друзьям и ученикам поздравлять его. В результате намеченное официальное празднование его юбилея не состоялось. Летом того же 1926 года Э. Крепелин отдыхал на озере Лаго-Маджоре в Италии. Известно, что он планировал новую поездку в Голландскую Ост-Индию (частью которой тогда был ранее исследованный им остров Ява), с тем чтобы вместе со своим учеником И. Ланге продолжить исследования в области транскультуральной психиатрии.
