Но и сами христиане не могли сопротивляться воздействию на них ауры мудрости, окружавшей «египетские мистерии». Некоторые отцы церкви сделали все возможное, чтобы использовать герметические писания в поддержку христианства, вплоть до создания «оракулов Гермеса», предсказывающих пришествие Иисуса. Это произвело неожиданный эффект. Поскольку Гермес Трисмегист в конечном итоге неожиданно получил титул пророка Христа, герметические документы, которые в противном случае сожгли бы на кострах, были сохранены и копировались весь период Средневековья. Так значительная часть герметизма сохранилась в христианском одеянии, дав начало направлению христианского оккультизма ().
Вторжение арабов в VIII веке привело к смене одной догматической религии на другую, как в Египте, так и в большей части Средиземноморья. Мусульманские завоеватели впитали в себя многие культурные ценности захваченных народов, а большая часть герметической практики была принята как мусульманами с мистическим складом ума, так и арабскими магами. Коран, священная книга Ислама, тоже дал лазейку герметикам, включив «сабиев» в число народов Книги, которым было разрешено мирно следовать своим религиям. О значении термина «сабианцы» велись споры на протяжении многих веков. Но спустя столетия после мусульманских завоеваний под ними повсеместно понимали герметистов.
Языческий город Харран воспользовался этим «разрешением», чтобы сохранить свою религию, смешанную с герметизмом и неоплатонизмом.
Так герметические традиции духовной и практической магии стали частью широкого потока арабской магии, хлынувшей в Европу с XII века н. э. Но теоретическая сторона герметизма сохранилась только в нескольких книгах. В самой важной из них на средневековом западе была «Асклепиус», которая дошла до нас в латинском переводе. Далее на востоке, в Византийской империи, сохранилась коллекция герметических текстов, позже известная как «Герметический корпус». Но, скорее всего, тогда эти книги были мало распространены ().
Было в ходу и несколько астрологических книг за авторством Гермеса, арабские магические справочники, например Пикатрикс, имеющие некоторое отношение к герметической философии. Были и чисто магические тексты с именем Гермеса, например «Книга Гермеса о пятнадцати звездах» (Liber Hermetis de quindecim stellis), пособие по магии талисманов, которое часто копировалось в Средние века и в эпоху Возрождения.
Несмотря на недоверие со стороны церкви, устойчивый тайный интерес к Гермесу и его учениям сохранялся в образованных кругах весь период Средневековья. Известные философы-платоники, такие как Бернард Сильвестрис (деятель XII века), нередко обращались к этим источникам, хотя почти никогда не ссылались на них в своих работах ().
