Занимая «непредрешенческую» позицию, Пушкарев сторонился эмигрантской политики меньшевиков, эсеров, кадетов и монархистов. В 1920-е гг. он короткое время интересовался евразийством. «С робкой надеждой» встретил Пражский манифест генерала А.А. Власова в ноябре 1944 г. В апреле 1945 г. выехал с семьей из Праги на Запад, но поезд был разбит американской авиацией. Пришлось задержаться в западной Чехии, куда вскоре вошли американские войска. А чешские партизаны, ограбив семью до нитки и продержав ночь в тюрьме, выдали ее Красной армии. Благодаря молодому лейтенанту, по профессии историку, который вел допрос, и его командиру, назвавшему себя «майором Павловым», встреча окончилась благополучно. В июле 1945 г. семья с транспортом беженцев прибыла из Чехии в американскую зону оккупации Германии. Здесь Пушкаревы провели четыре года в лагерях «перемещенных лиц», где Сергей Германович был директором и преподавателем русских средних школ.
При содействии проф. Г.В. Вернадского, с которым Сергей Германович был знаком по Праге, он приехал в июле 1949 г. с семьей в Нью-Хейвен (США) и в 1950 г. стал в Йелском университете преподавателем русского языка. В 1951-54 гг. читал курсы лекций по русской истории в Фордамском и Колумбийском университетах. Фонды Йелской библиотеки позволили ему частично восстановить утраченные по пути из Праги выписки из источников, и в 1953 г. в издательстве им. Чехова в Нью-Йорке вышел «Обзор русской истории», а в 1956 – «Россия в XIX веке».
С 1956 по 1972 год Пушкарев готовил материалы для трехтомной хрестоматии по русской истории «А Source Book for Russian History» (1972) и толковый словарь «А Dictionary of Russian Historical Terms» (1970). В течение 20 лет его кабинет в Йелской библиотеке служил местом консультаций для студентов и молодых американских историков. Ему было 88 лет, когда он переехал к сыну в штат Нью-Джерси, где разбирал свой архив и написал «Воспоминания историка: 1905-1945», вышедшие в Москве в 1999 г. Скончался С.Г. Пушкарев в Нью-Джерси 22 января 1984 г. и похоронен на кладбище Бивердейл в Нью-Хейвене.
Круг научных интересов С.Г. Пушкарева был широк, но основное направление уловить нетрудно. Первой работой в Праге был «Очерк истории крестьянского самоуправления в России» (1924). Затем следовали: «Как русский народ заселял Сибирь» (1925), «Очерк истории Донского казачества» (1926), работы о средневековом городе – на севере России и в Чехии; два очерка о целовальниках в Московской Руси (1933, 1936) и более десятка статей о роли Церкви в русской истории. Две из них переизданы в книге «Роль Православной Церкви в истории России» («Посев-США», 1985). «Историография Русской Православной Церкви и старообрядчества» (1974) перепечатана в «Журнале Московской Патриархии» (№ 5-7 за 1998 г.).
