Сергей Германович Пушкарев родился в слободе Казацкой Старооскольского уезда 8 августа 1888 г. Его отец служил нотариусом в Курске, а у матери было имение в Прохоровке (которая позже станет известной по битве на Курской дуге 1943 г.). Здесь Сергей провел детство. В 1907 г. он окончил гимназию с золотой медалью и поступил на историко-филологический факультет Харьковского университета. В гимназические годы у него в комнате висел портрет императора Александра II, но в студенческие годы он сблизился с РСДРП. За контакт с меньшевиками Пушкарев был в 1910 г. арестован. Потом выехал за границу и в 1911-14 гг. слушал лекции в университетах Гейдельберга и Лейпцига. Вернувшись в Россию, окончил Харьковский университет в 1917 г. Провал «наступления Керенского» в июле 1917 г. так задел патриотические чувства Сергея Германовича, что он – к удивлению окружающих – поступил добровольцем в распадающуюся армию. В декабре 1917 г. был демобилизован из Виленского военного училища (находившегося тогда в
Полтаве) и вернулся в Харьковский университет. Здесь он в мае 1918 г. выдержал государственные экзамены и был, по предложению проф. М.В. Клочкова, оставлен «для подготовки к профессорскому званию» (то есть, в аспирантуре) по кафедре русской истории. К тому времени его социал-демократические симпатии испарились, и когда в июне 1919 г. в Харьков вошли Белые войска, он поступил добровольцем в Сводно-стрелковый полк. Осенью под Екатеринославом в бою с махновцами был тяжело ранен, полгода его лечили в лазарете. Вернувшись в строй, служил в управлении начальника авиации и на бронепоезде «Офицер». Вместе с армией генерала П.Н. Врангеля был в ноябре 1920 г. эвакуирован из Крыма в Турцию.
В рамках «русской акции» по поддержке беженцев от большевизма, предпринятой чехословацким правительством, прибыл в конце 1921 г. в Прагу. Под руководством проф. И.И. Лаппо выдержал магистерские экзамены в 1924 г., получил звание приват-доцента и целиком погрузился в научную работу. Его труды выходили на русском, чешском и английском языках. С.Г. Пушкарев – доцент Русского свободного университета в Праге, постоянный научный сотрудник чешской Академии наук, член Славянского института, секретарь Русской академической группы, при которой были Русские курсы для учащихся в иностранных школах. Он ими руководил и вел преподавательскую работу как историк.
В 1927 г. С.Г. Пушкарев женился на Юлии Тихоновне Поповой (1896-1961), дочери священника из родного Старого Оскола, которая до того жила в СССР и преподавала естествознание в средних школах Ленинграда. В октябре 1929 г. родился их сын Борис.
