Хотя принципиальная договоренность об организации экзархата была достигнута на уровне Министерства иностранных дел СССР и Чехословацкого правительства, решение кадровых вопросов оставалось за Московской Патриархией. Правда, как видно из архивных документов, в некоторых случаях Совет по делам Русской православной церкви изменял решение Патриарха Алексия I. Так, в резолюции на обращение Предстоятеля от 11 января 1947 г. о поездке архиепископа Елевферия (Воронцова) в Вену, рукой председателя Совета Г. Г. Карпова 13 января было написано: «…После переговоров с патриархом решили, что в Вену поедет не Елевферий, а Шишкин».[191] К этому времени секретарем экзарха был назначен будущий доцент Ленинградской Духовной Академии А. Ф. Шишкин, командировка которого в Чехословакию была санкционирована распоряжением Совета Министров СССР от 12 июня 1946 г.
10–24 июня 1946 г. Г. Г. Карпов по приглашению чехословацких властей совершил поездку в страну, во время которой встретился с руководством страны, архиепископами Елевферием (Воронцовым) и Сергием (Королевым), посетил Прагу, Братиславу, Карловы Вары, Мариански Лазни и выступил перед местной общественностью с тремя докладами: «О положении и состоянии Православной церкви в Советском Союзе», «О роли Совета по делам Русской православной церкви при Совете Министров СССР» и «О свободе совести и вероисповедания в СССР», тексты которых были согласованы с ЦК ВКП(б).
12 июня после приема у министра просвещения и культов Зденека Неедлы помощник Карпова Н. И. Блинов записал в дневнике, который вел в ходе всего визита: «В беседе Георгий Григорьевич обратил внимание Неедлы на необходимость уделить внимание православной церкви больше, чем это делалось до сих пор. Неедлы высказал положительное мнение по этому вопросу». В тот же день на обеде, устроенном чехословацким правительством в честь Карпова, «экзарх сказал, что необходимо стремиться к единству православных церквей в Чехословакии; что Православная церковь в Чехословакии и словом, и делом будет способствовать делу процветания Чехословацкой республик».[192]
Важную роль в руководстве экзархата играл член Епархиального управления Б. Л. Черкес, ранее бывший активным участником движения Сопротивления и одним из руководителей антинацистского восстания в Праге. Согласно записи Блинова от 15 июня, на обеде с Карповым Б. Л. Черкес предложил целую программу действий, в которой наряду с конкретными вопросами, требовавшими быстрого разрешения (предоставление новой квартиры и машины экзарху, определение ему жалованья, оказание Чехословацкой Православной Церкви материальной поддержки из Москвы и др.), были сформулированы задачи на перспективу: «5. Использовать компартию для повышения роли православной церкви, а также для разложения национальной чешской церкви, во главе которой стоят коммунисты, и перевода ее в православие. 6. Использовать недовольство униатов переходом к новому стилю для разложения униатской церкви и перевода ее в православие
