Для русской делегации был также приготовлен меморандум, о «научно-канонической невозможности» передачи Чешской епархии в юрисдикцию Московского Патриархата, а принявший делегацию митрополит Иосиф заявил, что этот вопрос может разрешить только Архиерейский Собор под председательством Патриарха, и отказался даже предоставить право одному из русских епископов окормлять епархию, не управляя ею, отметив, что «патриарх Алексий и Русская церковь в целом нанесли пощечину братской Сербской церкви за все их доброе отношение к русским». На просьбу епископа Сергия немедленно созвать Синод и решить этот вопрос митрополит ответил категорическим отказом.[169]
18 марта заявление делегации Московского Патриархата было заслушано на Архиерейском Соборе, а на следующей день по просьбе советского Наркомата иностранных дел чехословацкий поверенный в делах Карпичек посетил митрополита Иосифа и сообщил ему о согласии правительства Чехословакии на переход епархии. В тот же день Владыке была передана соответствующая письменная правительственная нота. Благодаря участию в решении этого вопроса государственных властей Чехословакии и Югославии был найден компромисс. 19 марта Архиерейский Собор постановил присоединить к Чешской епархии оставшуюся на территории Чехословакии часть Мукачевско-Прешовской епархии.[170]
На следующий день, 20 марта, Архиерейский Собор дал согласие на то, чтобы Московская Патриархия направила в Прагу епископа для временного возглавления епархии, хотя формально Сербская Церковь не отказалась от своей юрисдикции над ней. В принятом решении говорилось: «Патриарх Московский и всея Руси Господин Алексий может сейчас направить своего епископа в Чехословакию, дабы он временно [до решения Архиерейского Собора под председательством Патриарха Гавриила] принял церковные дела местной православной епархии, поскольку наша Сербская Православная Церковь ныне не может этого сделать».[171]
Извещение о решениях 19–20 марта за подписью митрополита Иосифа было 23 марта направлено Святейшему Патриарху Алексию и Епархиальному совету в Прагу.[172] В итоговой справке от 13 апреля Г. Г. Карпов сообщил И. В. Сталину, что переговоры шли трудно, «с большим противодействием со стороны… митрополита Иосифа».
В апреле 1946 г. на территории Чехословакии был создан экзархат Русской Православной Церкви. Постановлением Священного Синода Московского Патриархата от 2 апреля 1946 г. главой экзархата с титулом архиепископа Пражского и Чешского был назначен епископ Ростовский и Таганрогский Елевферий, прибывший в Прагу 19 мая. В постановлении также говорилось: «Преосвященного епископа Сергия освободить от управления православными русскими приходами в Чехословакии и оставить его настоятелем православной церкви в г. Праге. Русские православные приходы в Праге и в Пряшевской епархии включить в состав единой Чехословацкой Православной Церкви, возглавляемой экзархом Московской патриархии архиепископом Пражским и Чешским Елевферием…».
