Согласно сведениям биографа епископа Горазда Я. Шуварски, Владыка вернулся из Берлина в Прагу утром 16 июня и узнал, что новое место укрытия для парашютистов не найдено. Это сильно обеспокоило епископа, в тот же день он посетил Йозефа Шемберу и поговорил с ним о необходимости найти новое укрытие. 17 июня епископ Горазд (еще не знавший об арестах) уехал в Пльзень, где получил известие о пражских событиях и поспешил вернуться в столицу.[118]
По другой версии о трагических событиях в Праге епископ Горазд узнал 18 июня во время богослужения в берлинском русском соборе. Доктор Игорь Никишин в своих воспоминаниях о Владыке Сергии (Королеве) писал: «Во время Малого Входа к епископу Горазду на кафедру подходит кто-то в штатском и передает записку. Епископ Горазд зашатался, страшно побледнел, спустился с кафедры и ушел в алтарь. Владыка стоял рядом. „Пойди, мальчик, может быть, надо помочь“, — говорит, наклоняясь ко мне, Владыка. (Тогда я уже был хирургом). Прошел в алтарь. Епископ Горазд лежит на чем-то, как бы на кушетке. Пульс и дыхание в порядке. Очень взволнован. Разоблачился, но не ушел из алтаря. Как мы потом узнали, в записке епископу Горазду сообщали, что в его храме, на Рессловой улице нашли скрывавшихся в нем чехов-парашютистов, убивших Райхспротектора Гайдриха».[119]
В любом случае Владыка Горазд не пытался спасти свою жизнь, а во имя спасения Чешской Православной Церкви, взял всю ответственность за происшедшее на себя. 19 июня он послал главе правительства Протектората, министру образования Протектората и в канцелярию нового рейхспротектора три письма, в которых просил сохранить Православную Церковь в чешских землях и брал всю вину на себя: «Я предаю себя в распоряжение подлежащих властей и готов понести любое наказание, вплоть до смертной казни». 25 июня епископ был арестован и два месяца подвергался изнурительным ночным допросам и пыткам. Его уводили на допрос в 10 часов вечера, а возвращали в камеру в 5 часов утра, днем Владыке не давали отдыха и часто оставляли без еды.[120]
3 сентября вместе с протоиереем В. Чиклом, священником В. Петршиком и Я. Сонневендом епископ Горазд был приговорен Пражским военным судом к смертной казни. 4 сентября 1942 г. Владыка и еще два осужденных были расстреляны на военном стрельбище в Праге, на следующий день расстреляли о. В. Петршика. Тела трех мучеников были сожжены, а тело о. В. Чикла отдано для вскрытия и научного изучения.
