Документы о создании русских храмов и монастырских подворий в Константинополе и их деятельности в дореволюционный период хранятся в Российском государственном историческом архиве и Центральном государственном историческом архиве Санкт-Петербурга. Историю отношений Константинопольского и Московского Патриархатов, а также русских церковных общин на территории Турции в XX веке можно изучать по материалам советских или русских эмигрантских организаций, хранящихся в трех московских архивах — Государственном архиве Российской Федерации (ГАРФ), в Российском государственном архиве социально-политической истории (РГАСПИ) и Российском государственном военном архиве в Москве (РГВА). В ГАРФе в этом плане особенный интерес представляют обширные фонды Совета по делам Русской Православной Церкви (ф. 6991) и Архиерейского Синода Русской Православной Церкви за границей (ф. 6343), в РГАСПИ — фонд Центрального Комитета ВКП(б) — КПСС (ф. 17), а в РГВА — фонд Главного управления имперской безопасности (ф. 500).
Из немецких архивов прежде всего следует указать Федеральный архив в Берлине (Bundesarchiv Berlin — ВА), где соответствующие материалы хранятся в фондах Рейхсминистерства иностранных дел (R 901), Главного управления имперской безопасности (R 58), Рейхсминистерства церковных дел (R 5101), Имперской канцелярии (R 43/II), Внешнеполитической службы национал-социалистической германской рабочей партии (NS 43) и др. Очень ценным архивохранилищем является Политический архив Министерства иностранных дел в Бонне (Politisches Archiv des Auswartigen Amts Bonn — АА), где хранятся десятки дел с аналитическими записками, отчетами, письмами, телеграммами немецких дипломатических служб о религиозной ситуации в странах Восточной и Центральной Европы, в том числе в Турции и Греции (Inland I-D, 4740–4742, 4797–4800 и др.). В архиве Института современной истории в Мюнхене (Institut fur Zeitgeschichte Munchen — IfZ) сведения о церковной ситуации в Турции и Греции содержатся в материалах немецкого военного командования (MA 1039), Главного управления имперской безопасности (МА 447, 558, Fа 231/3) и Внешнеполитической службы «Восток» (МА 128).
С помощью греческих исследователей автору удалось посмотреть хранящиеся в Историческом архиве Священного Синода Элладской Православной Церкви (Historical Archives of the Holy Synod of the Greek Church — HAHS) в Афинах материалы Синода этой Церкви за годы Второй мировой войны. Кроме того, была предпринята поездка в Софию, где автор работал в Государственном архиве Болгарии. Здесь были изучены как фонды занимавшихся церковными делами учреждений и ведомств этой страны, так и документы самой Болгарской Православной Церкви 1930-х — 1945 гг., в том числе переписка ее Священного Синода с Константинопольской Патриархией, болгарскими общинами в Стамбуле и обителями на Святой Горе (ф. 791к).
