В период Русско-турецкой войны 1877–1878 гг. обстановка в корне изменилась. Начались репрессии православных со стороны османских властей, в частности, турки угрожали убить отца Паисия, но он не покинул своего поста. Когда российские войска терпели неудачи, настоятель демонстративно, не таясь, молился о победе русского оружия, не боясь доносов и возможных репрессий турок. В это время некоторые греческие священники служили молебны о победе османского султана (подобное предписание получили и афонские монахи, при этом один монастырь попытался последовать указанию властей, после чего и игумен, и братия горько раскаивались). Посещал отец Паисий и пленных русских солдат и офицеров, стараясь, насколько возможно, облегчить их участь. При каждой победе российских войск настоятель устраивал в храме торжественное празднование. Четырнадцать месяцев он ежедневно ожидал смерти, но Бог хранил русского патриота, и никто его не тронул. В 1878 г. отец Паисий ожидал взятия Константинополя российскими войсками и водружения креста над храмом Святой Софии, но не дождался (из-за противодействия англичан). Если бы это произошло, то ему пришлось бы погибнуть: османские власти обещали казнить настоятеля, если русские войдут в Константинополь. После успешного окончания войны отец Паисий с братией торжественно отпраздновал его, чем вызвал ярость побежденных турок, обещавших разорить ненавистное русское подворье, но это уже было не в их власти[462].
Благодаря опыту, связям и общительному характеру отца Паисия его радушно принимали в Российском посольстве в Константинополе и там нередко спрашивали совета по важным делам. Потому не удивительно, что он всегда находил для себя поддержку у знаменитых старцев Свято-Пантелеимоновского монастыря, отца Иеронима и игумена Макария, с которыми вел постоянную переписку, и без совета с ними ничего значительного не делал. Отец Паисий также сыграл большую роль в процессе греко-русских переговоров и споров, привлекая внимание к этой проблеме многих занимавших важные посты чиновников и архиереев. Отец Иоасаф (Донсков) в своем письме к схиархимандриту Макарию (Сушкову) писал: «Скажу Вам, батюшка Макарий, несколько слов об отце Паисий. Здесь, в Константинополе, он уважаем всеми, как высокопоставленными лицами, так и нищими. Приезжающие и приходящие сюда первым долгом спрашивают отца Паисия, при свидании с ним просят его благословения. Конечно, он не благословляет, а они руки ему все равно целуют… Вначале кидаются в ноги, а потом целуют руки и грехи свои ему исповедуют. А ко мне на исповедь приходят после. Я так полагаю, батюшка, что для пользы святой обители отца Паисия следует рукоположить в иеромонаха. Пусть он занимался бы одной исповедью. Этим он не уступил бы отцу Ионе Киевскому. Поэтому осмеливаюсь Вас, батюшка, просить рукоположить отца Паисия. В этом вы не будете раскаиваться»
