Магистрат пошел на ряд уступок, но в то же время добился от общины изгнания Пфейфера из города.
Неожиданно у Пфейфера нашелся сильный защитник. За него вступился герцог Иоанн Саксонский, который предложил Совету возвратить проповедника в город. Герцогу было выгодно поддерживать внутренние смуты в имперском городе — так легче было овладеть им. В конце 1 523 года Пфейфер снова проповедывал в Мюльгаузене.
Есть основания предполагать, что Пфейфер во время своего изгнания был в курфюршестве саксонском, там встретился с Мюнцером и подпал под его влияние. Во всяком случае, он возвратился в Мюльгаузен обновленным и воодушевленным более радикальными идеями. Он отрицает авторитет священного писания и считает, что истинная вера насаждается через живое слово господне. Пфейфер выступает противником почитания икон и сторонником вторичного крещения. Если раньше его критика распространялась лишь ка католическое духовенство, то теперь он выступает с критикой лютеровских положений: «От головы до пят нет ничего хорошего в их учении».
В речах Пфейфера резче выступают политические моменты. Пфейфер, подобно Мюнцеру, призывает к насильственному осуществлению царства божия на земле. Современники утверждали, что он «добивался убийств, мятежа и свержения властей и хотел сделать из духовного царства христова мирское царство, которое управлялось бы не словом божиим, а мечом и насилием».
Оставаясь вождем буржуазных и мелкобуржуазных слоев бюргерства, Пфейфер сумел привлечь симпатии и низших слоев мюльгаузенского населения, того самого плебса, который своим участием всегда обеспечивал горожанам победу над Городским советом.
Деятельность Пфейфера вскоре дала свои плоды. В марте в городе и окрестностях опять произошло несколько нападений на католических попов и монахов, громили церкви, уничтожали священные изображения и церковное имущество. Подавить это движение Городской совет не мог. Князья — покровители города — курфюрст Фридрих, ландграф гессенский Филипп и саксонский герцог Георг отказывали в помощи, так как давно пытались Прибрать к рукам свободный имперский город и помогать Совету было не в их интересах.
В это бурное время, когда внутренние противоречия в городе были доведены до крайности, в августе 1524 года в Мюльгаузене появился Томас Мюнцер.
Как только Лютеру стадо известно, что его враг перебрался в Мюльгаузен, «брат неженка» заволновался. Он поспешил состряпать новый донос на Мюнцера. Свое послание Лютер адресовал жителям Мюльгаузена, в первую очередь, конечно, патрицианской знати.
