Он родился и вырос в этом городе и стал потом монахом. Но монастырская жизнь не удовлетворяла его. Монастырское начальство скоро обнаружило вольнодумство молодого человека; недаром в стенах обители его считали «худшим монахом».
Реформационные идеи быстро захватили Пфейфера, и он в 1521 году покинул стены монастыря, чтобы посвятить себя проповеди евангелия. Сначала он поступил на службу к рыцарю Энценбергу, сделался капелланом в его замке Шерфенштейн в Эйхсфельде и нроповедывал евангелие крестьянам близлежащих деревень. Одаренный красноречием капеллан быстро привлек к себе сердца простого люда. «Появился новый проповедник, который проповедует истину», — говорили о нем. Однако деятельность Пфейфера в Эйхсфельде вскоре прервалась. Против него выступил комиссар архиепископа Майнцского и добился изгнания. В начале 1523 года Пфейфер возвратился в родной Мюльгаузен. Первую публичную проповедь он произнес 1 февраля. Хроника рассказывает об этом так: «В воскресенье, в мясоед, когда обносили крест вокруг церкви, как это было тогда принято, на возвышенье перед дверями церкви св. Марии взошел разносчик, предлагавший вино и пиво. После него поднялся монах в светской одежде и, сказав: «Слушайте, дорогие люди, я хочу вам предложить другое пиво», начал с этого возвышения проповедывать евангелие». Содержанием проповеди было обычное для того времени разоблачение католического духовенства и монахов.
Вскоре Пфейфер занял место проповедника в церкви св. девы Марии. С его легкой руки евангелическое учение в этом строго католическом городе стало делать быстрые успехи. Радикальные слои бюргерства целиком стали на сторону Пфейфера. Магистрат сначала предпринял некоторые попытки пресечь деятельность Пфейфера, но решительные меры применить остерегся. Сторонники установившегося в Мюльгаузене правопорядка крепко держались за старую веру; все недовольные патрицианским правлением поддерживали новое евангелическое учение. В городе возникла и быстро укрепилась евангелическая община. Она избрала свой представительный орган из восьми человек — «восьмерку», которая в дальнейшем начала вмешиваться в дела управления городом.
Но параллельно с этим религиозным движением и независимо от него в городе усиливалось движение горожан против патрицианского магистрата. Горожане добивались утверждения прав общины, ее контроля над Советом.
Политическая борьба развивалась быстрыми темпами и принимала все более острые формы. В мае община пред’явила магистрату требование реформы городского управления и изменения порядков в городе. Магистрат воспротивился требованиям общины. Вспыхнул мятеж, в котором видную роль играл плебс и подмастерья. Католические монастыри и церкви подверглись нападениям. Многие духовные лица и монахи бежали.
