Своей борьбой с католическим духовенством Мюнцер нажил много врагов. С течением времени фронт его противников расширился, потому что он выступил и против приверженца Лютера проповедника церкви св. Марии Иоанна Вильденау из Эгера. Это был спор между церковью св. Екатерины, которую возглавлял Мюнцер и которую посещала беднота, и церковью богачей. Но спор шел в плоскости религиозных разногласий. Современники свидетельствуют, что победителем из этого столкновения вышел Мюнцер. Победа эта еще больше усилила недовольство Мюнцером со стороны городских властей. Покровительство же перекрещенцам окончательно дискредитировало Мюнцера в глазах городского совета и богатых, влиятельных бюргеров.
Магистрат запретил перекрещенцам проповедывать в городе, и они устраивали тайные сборища. Мюнцер открыто выступал против этого запрещения.
Власти искали малейшего повода для того, чтобы освободиться от беспокойного проповедника и анабаптистов. Бунт ткачей в конце 1521 года явился удобным моментом для расправы. Восстание было быстро подавлено Советом. Пятьдесят пять подмастерьев были заключены в тюрьму. Главари секты бежали. За соучастие в бунте Мюнцера изгнали из города.
Мюнцер отрицал свое участие в цвиккауском бунте, но трудно сказать, насколько он был искренен в этом. Если он и не возбуждал ткацких подмастерьев к восстанию, все же есть прямое основание утверждать, что сочувствие его было на стороне бунтовщиков.
От Лютера стали отходить и другие последователи реформации. Недавний лютеровский соратник Карлштадт утверждал, что всякий волен проповедывать слово божие, и «сам ходил по лавкам и мастерским и беседовал с рабочими о взглядах их на священное писание». Карлштадт поднял в Виттенберге борьбу против почитания икон и добился введения некоторых изменений в богослужении, склонив к этому университет и магистрат. Под его влиянием совет выступил против нищенствующих монахов и даже написал миноритскому монастырю, что нищих больше не должно быть. Для этого молодым монахам нужно выучиться какому-нибудь ремеслу, а старым — служить сидельцами в больницах. В городе начинались волнения.
Для Лютера это явилось тяжелым ударом, — он не мог примириться с тем, что движение развивалось своими путями помимо него. Не нравились реформатору и демократические тенденции Карлштадта и цвиккаусцев. И самым горьким было то, что все это происходило в Виттенберге, где он мнил себя царем и богом.
«Все мои враги, — говорил он, — заодно со всеми дьяволами, которые так многократно строили мне козни и все-таки не нанесли мне такого жестокого удара, какой я получил теперь от своих, и я должен сознаться, что этот дым жестоко ест мне глаза и хватает меня за сердце; «вот чем, думал сатана, я лишу Лютера мужества и сломлю его непреклонный дух; этой уловки он не поймет и не сумеет справиться с ней».
