Один из крупнейших ученых мира, географ и ихтиолог, академик Л. С. Берг считал, что озеро Иссык-Куль древнего происхождения, во всяком случае оно образовалось задолго до ледникового периода. В эпоху значительного распространения ледников на Тянь-Шане уровень воды в озере был гораздо выше благодаря обильному притоку талых вод с ледников. В те давние времена в озеро у его западной оконечности впадала река Чу. Она переполнила чашу озера, и где-то совсем близко от впадения реки, в том месте, где теперь начинается Боамское ущелье, образовался исток воды через хребет. С течением времени исток этот, постепенно углубляя свое русло, прорыл Боамское ущелье; с углублением русла все больше и больше воды уходило из озера. Таким образом, уровень воды в Иссык-Куле значительно понизился; Чу изменила направление, перестала впадать в озеро и повернула в Боамское ущелье. С одной стороны, Чу в свое время переполнила озеро, с другой же стороны, способствовала значительному спуску вод из него и в конце концов совершенно осушила бы Иссык-Куль, если бы не потеряла связи с ним.
Но почему же все-таки Чу перестала впадать в озеро? Было высказано такое предположение: Чу в своем устье за миллионы лет нанесла массу эрозионного материала, который запрудил реку, и доступ вод реки в озеро прекратился. Однако экспедиция геоморфологов, побывавшая на озере в 1957 году, выяснила иную картину.
Дело в том, что Иссык-Кульская котловина и поныне является живой синклинальной областью. В ней все время происходят тектонические процессы — сдвиги земной коры. Ведь горообразовательный период на нашей планете не прекратился: в одних местах наблюдается опускание земных пластов, в других, наоборот, повышение, горы растут. И вот геоморфологи обратили внимание на небольшой холм Босбармак, расположенный неподалеку от бывшего устья Чу. Внимательное исследование холма показало, что холм этот молодой, возник сравнительно недавно и сейчас продолжает расти. Первое время река Чу прорывала холм, образовавшийся у нее на пути, но затем холм начал расти так быстро, что Чу уже не успевала углублять свое русло и в конце концов повернула в Боам…
После того как озеро перестало быть сточным, началось его осолонение: горные реки несли в Иссык-Куль растворенные соли, вода из озера постепенно испарялась, и солей накапливалось все больше. За истекшие тысячелетия соленость достигла в озере 0,6 %, отсюда и пошло второе киргизское название Туз-Куль — соленое озеро. Иссык-кульская вода содержит растворенными соли натрия, калия, кальция, магния, кремния, хлора, железа и радона. Это дает возможность предполагать, что вода озера целебна и может быть использована при лечении желудочно-кишечных заболеваний. Во всяком случае для питья она пригодна, по вкусу напоминает нарзан.
