Самого серьезного внимания заслуживает гипотеза об амебной инфекции, которая, как мы уже знаем, эндемически встречается на острове. Доктор Ги Годлевский при «осмотре места происшествия» получил возможность ознакомиться с архивами колонии и, проанализировав списки английских солдат, умерших во время прохождения службы на острове Св. Елены, выявил следующую закономерность: стоило разместить какую-либо воинскую часть более, чем на полгода на лонгвудском плоскогорье, т. е. там, где находился Наполеон, как смертность среди солдат этой части однозначно возрастала. Годлевский обнаружил, что воду для нужд военного лагеря и для домашнего хозяйства Наполеона брали из одного и того же ручья, который был отведен в ложе из обожженного кирпича, устроенное вдоль дороги. Водой из этого ручья для питьевых целей пользовались солдаты из лагеря, рабочие (в основном вывезенные из Китая) и домашний штат Наполеона. Вполне возможно, что загрязнение воды в ручье могло послужить причиной амебиаза.
При дальнейшем исследовании этой версии выяснилось, что первоначально амебиаз не был известен на острове Св. Елены и первое упоминание о нем относится, вероятно, к 1816 году, т. е. ко времени, когда Наполеон уже находился на острове, и связано, по всей видимости, с появлением на нем китайских рабочих. Вскоре болезнь поразила почти сто человек на борту судна, перевозившего каторжников и зашедшего в Джеймстаун для пополнения запасов воды. Примерно в то же время почти все спутники Наполеона заболели амебной дизентерией, а Франчески Чиприани, мажордом лонгвудского дома, умер от этого заболевания в 1818 году. Более чем вероятно предположить, что эта болезнь не пощадила и Наполеона.
Возбудитель этой эндемической дизентерии, поражающей также и печень, Entamoeba hystolytica, был открыт только в 1913 году, и ни Кнотт, ни Лейшман, ни Кейт не могли упомянуть его в своих работах. Неудивительно поэтому, что в 1931 году бельгийский врач доктор А. де Мете попытался, наконец, внести ясность в данный вопрос и заодно реабилитировать Антоммарки, которому он приходился дальним родственником. Его усилия деятельно поддержал доктор Аббатуччи, впоследствии главный врач французской колониальной армии, который за время службы в колониях приобрел колоссальный опыт в области тропической медицины. В своей публикации 1933 года он целиком и полностью присоединился к мнению, высказанному доктором Пулле в 1932 году в докладе перед Римским медицинским обществом, согласно которому причиной смерти Наполеона явился не рак желудка, а прорыв в желудок абсцесса печени амебного происхождения. Такую интерпретацию дает Аббатуччи описанию, сделанному Антоммарки в рукописи, написанной в 1822 году, менее, чем через год после вскрытия, и отосланной им в Лондон на отзыв работавшему там итальянскому профессору Витторио Пули. Согласно этому описанию, печень была сильно увеличена и имелись изменения ее тканей на срезе.
