Было ясно, что нищий сын корсиканца, принадлежавшего к сомнительному дворянству, в подобном учебном заведении обречен ощущать себя неполноценным, и высокомерие школьных товарищей оказалось весьма болезненным для его гордости. Он писал домой, что ему «надоело быть мишенью для аристократических ублюдков, гордых теми удовольствиями, которые они могут себе позволить, поносящих и осмеивающих меня за то, что я вынужден себе во многом отказывать». Но он не мог бросить военную школу и поэтому уже в юном возрасте попытался создать дистанцию и выстроить барьер между собой и своими товарищами. Этот барьер впоследствии так никогда и не исчез. Луи Бурьен, позднее секретарь и государственный советник Наполеона, в своих мемуарах так рассказывает о своем бывшем однокашнике: «Впечатления о несчастьях Корсики и собственной семьи с раннего детства так глубоко запечатлелись в его сознании, что одиночество стало его потребностью… В его словах всегда была какая-то горечь. В нем не было ничего нежного. Причинами этого, по всей видимости, были несчастные обстоятельства, постигшие семью ко времени его рождения, и, во многом, память о порабощении родины, которое ему довелось пережить в детстве». Действительно, ему, единственному корсиканцу в бриеннской военной школе, единственному побежденному среди победителей, ненавистна была сама мысль о покорении Корсики Францией. Чувство уязвленной национальной гордости завело его столь далеко, что он осмелился даже высказать недовольство собственным отцом за то, что он позволил себе якшаться с французами. Однажды во время совместного обеда с преподавателям и последние позволили себе не вполне почтительно отозваться о Паоли. В ответ Наполеон взорвался: «Паоли был великим человеком! Я никогда не прощу моему отцу, который был его адъютантом, того, что он помог присоединить Корсику к Франции. Он обязан был верить в счастливую звезду своего генерала и пасть вместе с ним».
Будучи вынужденным к сдержанности и замкнутости, он уходил в мир героев Плутарха. Часто можно было видеть, как он читает или задумался о чем-то в том уголке сада, который был предоставлен его попечению, чем он, кстати, занимался с большой охотой. Так прошли пять лет бриеннского кадетства. В эти годы он вынужден был безропотно принимать любые несправедливости и унижения, но с каждым перенесенным унижением в нем рос жаждущий мятежный дух, чувство презрения к людям и сознание собственной ценности. Чем больше отторгали его от себя школьные товарищи, тем сильнее было его желание отплатить им за это в будущем и отомстить Франции за все унижения. Но прежде всего его переполняло смутное желание освободить родной остров от французского ига.
