На основании картины, характеризующейся обильным ночным потоотделением, непрекращающимся жжением и тупой болью в правом эпигастрии, иррадиирующей в правое плечо и усаживающейся при кашле, пальпируемым и болезненным при давлении уплотнением в правом эпигастрии, пожелтением белков глаз, рвотой и поносом с выделением больших количеств слизистого окрашенного желчью стула, которая была бы совершенно однозначной для современного клинициста, доктор О’Мара поставил своему пациенту диагноз воспаления печени, спровоцированного перенесенной ранее кишечной инфекцией. Он имел в виду «тропический гепатит» (Hepatitis tropica), название, которым в современной медицине обозначают амебный гепатит. Употребляя это название, доктор О’Мара, конечно же, не мог вкладывать столь точный смысл, поскольку амеба была открыта патологом Лаблем пражским под микроскопом только в 1859 году. В те же времена под этим названием подразумевали целую группу инфекционных кишечных заболеваний, сваливая все их и, в том числе, амебиаз, таким образом в одну кучу, хотя некоторые врачи, работавшие в колониях, уже тогда путем точных наблюдений сумели выделить характерные особенности отдельных острых кишечных заболеваний.
Болезнь Наполеона продолжалась два года, и все это время улучшения состояния перемежались фазами обострения типа описанной выше. В нормальной ситуации такого пациента следовало бы немедленно перевести в местность с более благоприятным климатом. Однако губернатор острова сэр Хадсон Лоу был убежден, что якобы тяжелая болезнь Наполеона является не более, чем предлогом для того, чтобы создать благоприятные условия для побега. А после того, как губернатор перехватил письмо доктора, адресованное его другу Финлезону, в котором тот просил проинформировать лондонское Адмиралтейство не только об истинном состоянии здоровья узника, но и о странном поведении губернатора, дни доктора О'Мара на острове были сочтены. Вопреки запрету губернатора доктор пришел проститься со своим пациентом (который, кстати, оставил доктору крупную сумму в своей завещании) и 2 августа 1818 года покинул негостеприимный остров. Будучи сразу же по прибытии в Англию уволенным со службы за провинности, он решил принять на себя роль адвоката Наполеона. Он опубликовал ряд брошюр, в которых резко порицал Хадсона Лоу и указывал английскому правительству на серьезное состояние здоровья Наполеона. Однако все его усилия остались тщетными: в 1818 году конгресс союзных держав в Экс-ля-Шапель не принял во внимание эти сообщения и отказался даже на самую малость смягчить условия заключения.
