Главной супругой его была Нефертити — красота и грация которой увековечены в ее скульптурном портрете, ныне столь же известном, как и портрет Джоконды Леонардо да Винчи. Кто были ее родители? Когда и как появилась она во дворце фараонов? Обо всем этом пока можно лишь гадать. Нефертити считали то дочерью царя Митанни — Душратты, то дочерью Аменхотепа III от одной из его (многочисленных жен. Но, скорее всего, она не принадлежала к царскому роду. Единственная родственница ее, о которой что-либо известно, — сестра Мутнеджмет, никакими титулами не обладала. Царица, видимо, не менее своего мужа была предана новой религии.
От Нефертити Эхнатон имел шесть дочерей. Старшая дочь — Меритатон на 13-м году правления отца была выдана замуж за царевича Сменхкара. Вторая умерла в детстве: сохранилось рельефное изображение царственных родителей, горестно заламывающих руки над ложем умершего ребенка, а третья дочь — Анхесенпаатон стала впоследствии женой, по всей вероятности, брата Сменхкара — Тутанхатона, будущего фараона.
О происхождении Сменхкара и Тутанхатона достоверных сведений не сохранилось. Все гипотезы и догадки ученых, занимавшихся этим вопросом, основываются на косвенных и очень неполных данных. Они сводятся в общем к двум предположениям: либо оба царевича были сыновьями Эхнатона от других жен, либо его сводными братьями. В пользу второй гипотезы свидетельствует то, что в гробнице матери Тии, обнаруженной в 1907 г. в Долине царей, была найдена мумия молодого человека, как полагают некоторые ученые, — Сменхкара. О других доказательствах, могущих подтвердить эту теорию, будет сказано далее. Но судя по возрасту братьев, определенному медицинским освидетельствованием мумий, они родились слишком поздно, чтобы быть детьми Аменхотепа III. В этом случае приходится допустить, что последний жил еще очень долгое время после вступления на престол Эхнатона. Однако памятники об этом молчат. Но как бы то ни было, и мумии Сменхкара и Тутанхатона, и их изображения обнаруживают несомненное семейное сходство с Эхнатоном и его дочерьми — прежде всего формой патологически удлиненного, оттянутого назад черепа.
Сменхкара после женитьбы на Меритатон был если не тотчас, то — вскоре объявлен соправителем фараона. Болезненный юноша прожил после этого недолго — около трех лет — и скончался, видимо, незадолго до смерти самого царя-еретика. Никаких сколько-нибудь заметных следов правление Сменхкара не оставило, и даже, как уже упоминалось, нет твердой убежденности, что останки его покоились в усыпальнице Тии. Что касается Эхнатона, то его, видимо, погребли в гробнице, высеченной в окружающих Ахетатон скалах. Во всяком случае, мумия его не обнаружена, хотя некоторые египтологи и предполагали, что именно его останки, а не Сменхкара укрыли от врагов в склепе Тии. Скорее всего, мумия Эхнатона не сохранилась. После реставрации культа Амона мстительные жрецы не ограничились повсеместным уничтожением имен царя и Атона, но надругались и над своим мертвым врагом, лишив его тем самым, по представлениям древних египтян, посмертного существования и вечного блаженства.
