Уже с первых часов выступления стали очевидны просчеты его руководителей. Надежды на последующую массовую поддержку населением и армией движения 30 сентября оказались несбыточными. Для народных масс выступление Унтунга выглядело полной неожиданностью, цели провозглашенного Революционного совета были абсолютно не ясны. О реальной расстановке сил в армии руководители сентябрьского и путча имели самое приблизительное представление, переоценивая число своих сторонников. Весьма вероятно, что они были введены в заблуждение умышленной дезинформацией, к которой прибегала военная верхушка, чтобы подтолкнуть левые силы к авантюристическому выступлению.
Отряды Унтунга отошли из столицы в район военно-воздушной базы Халим, намереваясь сделать ее своим опорным пунктом. Но вскоре сюда подошли силы стратегического корпуса под командованием генерала Сухарто. Не делая попыток принять бой, участники выступления рассеялись. Горстке плохо подготовленных людей противостояли кадровые армейские части, вооруженные всеми видами боевой техники. И за пределами столицы сухопутные силы, за исключением отставных мелких подразделений в Центральной Яве, Центральной Суматре и еще кое-где, оставались на стороне реакции. Вскоре военное командование сделалось хозяином положения в стране. Для подавления путча понадобились не слишком значительные силы.
Лучшего предлога для широкого наступления на левые силы реакция не могла и желать. По всей стране разбушевался кровавый террор, отделения компартии и других демократических организаций были разгромлены. В этой трагической ситуации руководители компартии не попытались обратиться к массам и организовать отпор. Наивными и беспочвенными оказались и надежды на влияние и авторитет президента. Сукарно поспешил откреститься от левых сил и под давлением реакции даже обвинил их в участии в путче. Это не помогло президенту сохранить власть. Он не был нужен победителям. Через некоторое время фактическим главой исполнительной власти стал малоизвестный до сих пор генерал Сухарто, ставленник военных кругов.
А тем временем террор продолжался. Реакционеры разжигали среди отсталой, неграмотной части мусульман религиозный фанатизм, внушали им, что во всех бедствиях повинны коммунисты. Были схвачены и убиты без суда и следствия ведущие лидеры КПИ Айдит, Лукман, Ньото. Другие крупные руководители, например Ньоно, Судисман, были преданы суду и приговорены к смертной казни. Разные источники и авторы называют разное число жертв, но большинство сходится на цифре 300 тысяч.
