К государю и его семье игумен Филипп и вся братия относились с подобающим почтением. Поэтому еще два придела в соборе связаны с именами царских родственников. Святые Иоанн Лествичник и Феодор Стратилат — небесные покровители сыновей Ивана IV, царевичей Ивана и Федора. К середине XVI столетия в Соловецком монастыре не сложилось особого культа архангела Михаила, святых Иоанна и Федора. Совершенно ясно: появление приделов, освященных подобным образом, высветляет духовную связь между Соловками и Москвой, между смиренной обителью и царским престолом. Быть может, от самого Ивана IV исходило желание назвать соборные приделы именно так. Но с той же вероятностью инициатива могла принадлежать соловецкому игумену, благодарному царю за щедрое пожертвование на строительство собора.
К тому же для Филиппа имена святых Иоанна и Федора много значили и помимо напоминания о благополучии монаршей семьи. Имя Федор, явно связанное со святым Феодором Стратилатом, одним из покровителей воинства — «служилых людей по отечеству», часто встречается в его роду. Основателя семейства, вельможу по прозвищу Колыч, звали Федором; это имя носил в миру и сам Филипп. Оказывая почести правящему дому Рюриковичей, возможно, Филипп оказывал их и собственному семейству. Что же касается Иоанна Лествичника, то он был одним из любимых святых русского монашества, на его духовный труд «Лествица» ссылались величайшие светильники нашей иноческой среды. Знал «Лествицу», несомненно, и соловецкий настоятель. В небольшой монастырской библиотеке тогда хранилось два ее экземпляра.
Придел во имя преподобных Зосимы и Савватия, — напротив, свидетельство давно сложившегося, глубоко укорененного на Соловках культа основателей монастыря. Не вспомни о них игумен Филипп — это было бы странно. Их гробницы, появившиеся задолго до придела, уже играли роль истинных святынь. Братия богато их украсила.
Тот же А. Г. Мельник отмечает: «По значимости местоположения между тремя, условно говоря, «царскими» приделами и тремя, столь же условно выражаясь, «монастырскими» был установлен определенный «паритет», идея которого, видимо, принадлежала Филиппу Колычеву».
Летом 1566 года английские мореплаватели Томас Соутэм и Джон Спарк побывали на Соловках. Игумена Филиппа они уже не застали: он отбыл в Москву — ставиться на митрополию. Посетив монастырь, англичане, по их собственным словам, «…переехали в отличный каменный монастырский дом в 5 милях к юго-западу от обители»
