Вся жизнь Белюстина – это постепенное разочарование в церковной действительности и Церкви вообще. Считая себя обделенным как Церковью, так и государством, Белюстин критикует самые основы веры, имеет свое суждение на церковную и отечественную историю, а также оправдывает старообрядцев и даже сектантов. Чем более подробно Белюстин изучал историю Церкви, тем более он укреплялся во мнении, что официальная история лжива[167], а древние историки не более чем панегиристы[168]. По его убеждению, современное православие не имеет ничего общего с христианством и, более того, оно стало нравственно растлевающей силой уже с IV в., со времени издания Миланского эдикта[169], превратившись в служанку государства[170]. Порицал он и личность императора Константина Великого, считая его не только не святым, но даже и не православным[171]. Христианство периода после имп. Константина Великого Белюстин называет фарисейством, а Первый Вселенский Собор, ссылаясь на слова Григория Богослова[172], называет собором христопродавцев[173], деяния которого привели к узаконению фанатического догматизма, легшего в основу псевдохристианского типа религии – византийского православия и римского католицизма[174]. Делая вывод о псевдохристианском характере византийской религии, Белюстин вполне логично приходит к еще одному неутешительному выводу – Русь, принимая православие от Византии, становится частью этой псевдохристианской Церкви[175], цель которой не сводится к достижению евангельских истин и идеалов[176]. В итоге русское духовенство, по словам отца Иоанна, – гангрена, а русское православие – для одних игрушка и посмешище, а для других – пугало, от которого с ужасом и отвращением бегут толпами[177]. Нравственное и духовное возрождение человечества он видел не в православии, а в учреждении нового, так называемого Евангельского христианства, которое должно заменить его традиционные формы[178].
На фоне критики не просто частных недостатков современной ему церковной действительности, но православия как такового Белюстин с особой ревностью берется за осмысление событий старообрядческого раскола и возникновения разного рода сект на территории Российской империи. Появление инакомыслящих отец Иоанн считал реакцией на псевдохристианскую и лживую форму русского православия, а полицейские меры государственной власти, которыми охотно пользовалась Русская Церковь при обращении неверных, свящ. И. С. Белюстин расценивал как вмешательство в ее внутренние дела, что подтверждало его взгляды о восприятии Русью ненавистного им византийского типа православия. Кроме того, притеснение раскольников на государственном уровне и ущемление их гражданских прав воспринималось Белюстиным как неспособность официальной Церкви своим авторитетом и проповедью вернуть заблудших в православие. Неудивительно, что как следствие разочарования в реально существующем, а не идеальном православии и увлечения вопросами свободы совести отец Иоанн не только оправдывает старообрядческий раскол, называя его лучшим явлением в истории русского народа
