Перемены коснулись и духовных академий. Ректоров академий позволено было выбирать, благодаря чему в некоторых из них это место заняли представители белого духовенства. После разрушения сословной замкнутости, вопреки ожиданиям, в академии не поступило огромное количество детей из других сословий, хотя их количество и увеличилось. Начался обратный процесс – священнические дети стали покидать школу своего сословия, так что начальством учебных заведений были предприняты в том числе и неофициальные меры по удержанию учеников. Чтобы хоть как-то остановить отток духовной молодежи в университеты, 20 марта 1879 г.[110] был принят закон о необходимости перед поступлением в университет сдавать выпускной экзамен в гимназиях, что позволило удержать значительную часть духовной молодежи в своем ведомстве.
Несмотря на целый ряд успехов, целью реформ духовного образования являлась подготовка пастырей, являющих своей жизнью пример для прихожан. Данная цель не была достигнута, что видно из нарастающей критики в адрес духовенства, растущего атеизма и учащения правонарушений со стороны духовных лиц[111]. Также не в пользу духовного образования говорит и тот факт, что семинаристы активно пополняли революционные партии, например, среди народников выходцев из духовенства было 22 %, и это при том, что их доля среди остального населения составляла 0,9 %[112].
Реформы коснулись и церковной администрации, например, было отменено деление епархий на классы. Но одним из самых неудачных проектов, касающихся административных вопросов, можно назвать проект о реформировании церковного суда. Новые гражданские судебные уставы 20 ноября 1864 г.[113] не брали в расчет церковные правила и отменили участие в судебном процессе против священства представителя духовного ведомства. Кроме того, теперь светский суд просто ставил в известность духовное ведомство, обязанное дать все необходимые сведения о подсудимом и принять приговор с дальнейшим снятием сана, если это необходимо. Новая судебная система противоречила положениям церковного суда.
Подводя итог, необходимо охарактеризовать два периода истории Российского государства и Русской Церкви. В период правления Николая I очевидно стремление самодержца поднять авторитет Церкви, но вместе с тем он обращает ее в полностью подконтрольное ему ведомство. Николай I не нуждался в сильной и самостоятельной Церкви, скорее, наоборот, для чего и учредил «Ведомство православного исповедания», то есть некое ведомство, контролирующее духовную жизнь верующих
