Его влекла «анатомия человеческого духа до религии включительно», интриговали границы метафизики – те рубежи, «до которых мы можем научно думать». Избрав темой диссертации «космологическое доказательство бытия Божия», он посчитал верным придерживаться того же «способа и направления мысли, какой создал науку о природе». И при этом отстаивал принцип автономии науки, готовый оберегать ее «от нападений богословствующего разума».
Соотношение естественного и сверхъестественного с неизбежностью подводит науку к вопросу: как относиться ей к идее Бога? Какова связь между Природой и Богом, понятием столь же абсолютным? Ответ на этот кардинальный вопрос могло дать исследование религиозного опыта.
«В Духовной Академии, – вспоминал впоследствии Ухтомский, – у меня возникла мысль создать биологическую теорию религиозного опыта. При этом основою религиозного опыта заранее предполагалась известная физиологическая роль его, т. е. apriori предполагался и затем разыскивался биологически целесообразный момент богопочитания. Научная задача предвидела свое разрешение в том, чтобы благополучно найти этот физиологически утилитарный момент и схематизировать относительно него существующие материалы, характеризующие в истории религиозный опыт каких бы то ни было форм, эпох и людей».
Отличное обучение в Академии, основательный багаж в области истории и философии, литературная одаренность и талант говорить с кафедры сулили Ухтомскому завидные перспективы. Став магистром богословия, он получил предложение работать в архиве Московского Кремля, – но что-то его останавливало. «Задача моя, задача моей научной карьеры, – убеждал он себя в дневнике в августе 1899 года, – именно выяснить… психологическое существо „религиозной жизни“, т. е., попросту, величайшего из примирений с действительностью – христианства, где крепкий и смиренный сердцем Сильный и Большой всех зовет под кров свой, всех труждающихся и обремененных…»
Брат Александр, в монашестве Андрей, усиленно побуждал Алексея следовать его примеру либо избрать духовно-учебную службу, и чтобы решить вопрос: какая общественная функция наиболее отвечает его собственному предназначению, Ухтомскому потребовалось проявить волю.
Будучи уверен, что он «в отношении общественной жизни – лишь созерцатель», он перепроверял себя. «Мое поступление на духовно-учебную службу, – записывал в дневнике, – было бы понятно мне тогда, если бы я имел что-либо внести туда новое и лучшее, если бы я заменил собою там человека, не способного сделать то, что могу и умею сделать я. Но ничего такого, чего
