Неприятности и неудачи — трудности в осуществлении банковского проекта, безуспешные переговоры с турецким послом в Берлине, соперничество в руководстве только что созданной организации, а также ухудшение здоровья привели весной 1898 года к тому, что Герцль передал Нордау президентство на втором конгрессе и предложил перенести центральное правление в Париж. «Я был стойким в худшие дни и спокойным в лучшие, — писал он в своего рода автонекрологе. — А это означает: молчать, когда можно было бы разжечь энтузиазм одним словом. Поддерживать мужество людей, даже когда в душе отчаяние. Делать хорошую мину при плохой игре, общаться с негодяями, преследоваться вымогателями, сносить обиды от спесивцев… К тому же зависть, предательство, злобные нападки и никакого вознаграждения — ведь я действовал будто бы из одного тщеславия». Нордау не согласился с предложением Герцля. Он написал 11 апреля: «Каждый волен решать, затевать ли такое движение, как сионизм. Но никто не волен с легким (или даже с тяжелым) сердцем отказываться от подобного движения, которое именно он начал и укрепил. Лишь смерть может освободить от обязанностей, которые человек взял на себя сам. Любая другая форма самоосвобождения называется изменой».
Ход событий не позволил Герцлю осуществить свое намерение, видимо, не слишком серьезное. С 23 по 25 мая в Вене уже прошли предварительные конференции по подготовке второго конгресса, в которых Герцль принимал активнейшее участие. Представители России, Австрии и Германии высказали сомнение в необходимости проведения второго конгресса столь быстро после первого. Опасения, что будет слишком мало участников и могут обостриться противоречия, были рассеяны Герцлем. Ему казалось необходимым именно через год повторить конгресс, чтобы избежать дробления и измельчания. Он также считал необходимым преобразовать организацию и добиться, чтобы конгресс утвердил колониальный банк. Предложение Герцля еще до уточнения деталей банковского проекта начать временную подписку на однофунтовые акции десятипроцентного займа участниками подготовительного конгресса было принято. Всеобщее одобрение встретило также предложение провести второй конгресс снова в Базеле.
В конце августа конгресс прошел в Базеле в полном соответствии с программой. Из отчета комитета действия следовало, что за это время к движению примкнуло 913 групп, что увеличило его состав в девять раз по сравнению с 1897 годом. Только в России насчитывалось 373 сионистские группы, в Австро-Венгрии — 250, в Румынии — 127, в Англии — 26, в Германии — 25, в Болгарии — 16 и в Соединенных Штатах Америки — 60. В Базель прибыло более 400 делегатов. Важнейший пункт повестки дня, банковский проект, после тщательной предварительной проработки не встретил какого-либо сопротивления. Для уверенности в том, что при любых обстоятельствах Палестина останется целью движения, в резолюции о банке было предложено слово «восток» заменить на слова «Палестина и Сирия».
